More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0002 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 379 aa  748    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  77.45 
 
 		 380 aa  570  1e-161  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  71.84 
 
 		 375 aa  548  1e-155  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  68.07 
 
 		 379 aa  506  9.999999999999999e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  66.93 
 
 		 378 aa  481  1e-135  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.16 
 
 		 396 aa  461  9.999999999999999e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  60.21 
 
 		 376 aa  438  9.999999999999999e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.74 
 
 		 376 aa  439  9.999999999999999e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.1 
 
 		 377 aa  434  1e-121  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  59.21 
 
 		 408 aa  436  1e-121  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.05 
 
 		 378 aa  434  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  59.64 
 
 		 384 aa  428  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.29 
 
 		 376 aa  423  1e-117  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  55.67 
 
 		 379 aa  419  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  55.97 
 
 		 374 aa  421  1e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.21 
 
 		 386 aa  409  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  54.55 
 
 		 402 aa  409  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.08 
 
 		 387 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.71 
 
 		 374 aa  401  1e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.97 
 
 		 374 aa  402  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  58.73 
 
 		 377 aa  400  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  54.52 
 
 		 365 aa  399  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.94 
 
 		 377 aa  399  9.999999999999999e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  54.74 
 
 		 378 aa  397  1e-109  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.41 
 
 		 388 aa  395  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.84 
 
 		 383 aa  388  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  54.36 
 
 		 386 aa  387  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  51.92 
 
 		 396 aa  385  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.48 
 
 		 408 aa  378  1e-104  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.77 
 
 		 398 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.77 
 
 		 398 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  50.77 
 
 		 398 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.64 
 
 		 398 aa  375  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.83 
 
 		 378 aa  372  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  49.62 
 
 		 398 aa  367  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  50 
 
 		 374 aa  365  1e-100  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  47.97 
 
 		 402 aa  360  2e-98  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.71 
 
 		 380 aa  355  5.999999999999999e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  55.21 
 
 		 379 aa  352  5e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  50.4 
 
 		 364 aa  348  1e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  42.18 
 
 		 374 aa  311  9e-84  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 		 374 aa  311  2e-83  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  43.56 
 
 		 404 aa  275  9e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  40.05 
 
 		 433 aa  271  1e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.25 
 
 		 375 aa  186  4e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 		 369 aa  186  6e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  31.66 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.81 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.81 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.79 
 
 		 365 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 		 365 aa  168  2e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.23 
 
 		 366 aa  163  6e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.71 
 
 		 385 aa  161  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.24 
 
 		 385 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  27.03 
 
 		 366 aa  158  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.81 
 
 		 385 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.97 
 
 		 365 aa  158  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  30.45 
 
 		 367 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.45 
 
 		 367 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.45 
 
 		 367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.48 
 
 		 385 aa  156  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  30.71 
 
 		 367 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  30.33 
 
 		 388 aa  155  8e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.85 
 
 		 385 aa  155  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 		 390 aa  154  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.64 
 
 		 397 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 		 367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  28.68 
 
 		 367 aa  153  5e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.2 
 
 		 385 aa  153  5e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  29.11 
 
 		 386 aa  152  7e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.06 
 
 		 378 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.86 
 
 		 386 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 		 387 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 		 367 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  29.48 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  29.48 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.34 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 		 367 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.56 
 
 		 366 aa  150  4e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.66 
 
 		 367 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.16 
 
 		 381 aa  150  5e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.13 
 
 		 367 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  26.41 
 
 		 379 aa  149  6e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  30.3 
 
 		 381 aa  149  7e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.41 
 
 		 379 aa  149  7e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.41 
 
 		 379 aa  149  7e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  27.7 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.7 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000318907  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.06 
 
 		 380 aa  149  9e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  26.41 
 
 		 379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.41 
 
 		 379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.55 
 
 		 377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.55 
 
 		 377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.41 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.28 
 
 		 381 aa  147  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  27.68 
 
 		 369 aa  147  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.48 
 
 		 378 aa  147  3e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.41 
 
 		 379 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>