More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_2170 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
341 aa  667    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  68.12 
 
 
342 aa  441  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  72.24 
 
 
358 aa  441  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.83 
 
 
342 aa  432  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.54 
 
 
342 aa  424  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.82 
 
 
357 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.69 
 
 
327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.14 
 
 
347 aa  305  6e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  54.66 
 
 
350 aa  301  2e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.26 
 
 
333 aa  298  6e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.48 
 
 
349 aa  298  8e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  52.2 
 
 
332 aa  297  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  53.5 
 
 
317 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  57.56 
 
 
354 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  51.89 
 
 
356 aa  292  6e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  53.59 
 
 
349 aa  291  8e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  51.23 
 
 
353 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  56.33 
 
 
341 aa  289  5.0000000000000004e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  53.08 
 
 
337 aa  288  7e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  50.94 
 
 
333 aa  287  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.11 
 
 
349 aa  287  2e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.1 
 
 
315 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.79 
 
 
338 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  52.43 
 
 
354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  55.06 
 
 
345 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  50.31 
 
 
333 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  51.84 
 
 
356 aa  276  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  53.14 
 
 
349 aa  273  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  48.36 
 
 
320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1486  nifR3 family TIM-barrel protein  55.99 
 
 
326 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1576  tRNA-dihydrouidine synthase  52.96 
 
 
333 aa  264  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.13 
 
 
353 aa  261  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.54 
 
 
328 aa  259  6e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.85 
 
 
362 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.47 
 
 
351 aa  256  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2836  tRNA-dihydrouridine synthase, nifR3  55.66 
 
 
326 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1458  nifR3 family TIM-barrel protein  55.66 
 
 
326 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.425307 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  41.52 
 
 
317 aa  248  1e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.07 
 
 
317 aa  247  2e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  45.09 
 
 
331 aa  246  3e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.64 
 
 
332 aa  246  4e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  44.16 
 
 
333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2604  NifR3 family TIM-barrel protein  52.51 
 
 
335 aa  241  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.131824  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  48.01 
 
 
353 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.94 
 
 
330 aa  230  3e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.43 
 
 
332 aa  229  4e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  44.98 
 
 
336 aa  228  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.3 
 
 
327 aa  221  9.999999999999999e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.4 
 
 
346 aa  220  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.33 
 
 
323 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.64 
 
 
320 aa  218  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.57 
 
 
337 aa  218  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  44.8 
 
 
355 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.21 
 
 
321 aa  217  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  46.57 
 
 
337 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.8 
 
 
355 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  44.8 
 
 
355 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  44.8 
 
 
355 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  44.8 
 
 
355 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.45 
 
 
333 aa  216  5.9999999999999996e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  44.09 
 
 
357 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  44.8 
 
 
355 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.8 
 
 
355 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  41.11 
 
 
319 aa  215  7e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  44.09 
 
 
354 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  46.21 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  37.81 
 
 
338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.32 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  41.1 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.39 
 
 
343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.31 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  44.15 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.46 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  43.48 
 
 
346 aa  213  3.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  45.7 
 
 
327 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  46.57 
 
 
356 aa  213  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.71 
 
 
355 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.92 
 
 
349 aa  212  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.71 
 
 
355 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  43.09 
 
 
354 aa  212  9e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.09 
 
 
354 aa  212  9e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  43.09 
 
 
354 aa  212  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.09 
 
 
354 aa  212  9e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.09 
 
 
354 aa  212  9e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.09 
 
 
354 aa  212  9e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.55 
 
 
321 aa  211  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.8 
 
 
353 aa  212  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  42.77 
 
 
350 aa  211  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.11 
 
 
321 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  45.13 
 
 
337 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  44.57 
 
 
356 aa  210  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  45.13 
 
 
337 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.26 
 
 
331 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.8 
 
 
352 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  41.24 
 
 
333 aa  209  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.44 
 
 
354 aa  209  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  45.39 
 
 
327 aa  209  8e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  45.45 
 
 
353 aa  208  9e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.86 
 
 
381 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.68 
 
 
352 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>