137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmcs_0023 on replicon NC_008146
Organism: Mycobacterium sp. MCS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  100 
 
 
411 aa  835  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  100 
 
 
411 aa  835  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  41.16 
 
 
404 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  32.97 
 
 
397 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  26.28 
 
 
405 aa  133  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  29.09 
 
 
446 aa  132  9e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  27.76 
 
 
412 aa  130  5e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  43.31 
 
 
415 aa  130  5e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2785  type I restriction enzyme EcoR124II specificity protein  51.38 
 
 
121 aa  125  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.302167 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  36.17 
 
 
425 aa  119  8e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  31.48 
 
 
414 aa  119  1e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  32.03 
 
 
425 aa  117  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.8 
 
 
378 aa  116  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  25.73 
 
 
436 aa  115  1e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.85 
 
 
442 aa  114  3e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.1 
 
 
428 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  26.05 
 
 
412 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  29.89 
 
 
285 aa  112  2e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.59 
 
 
620 aa  110  4e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.29 
 
 
412 aa  109  9e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  32.89 
 
 
438 aa  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  29.72 
 
 
418 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  29.72 
 
 
418 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.25 
 
 
456 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.71 
 
 
447 aa  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  27.43 
 
 
363 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  28.62 
 
 
438 aa  96.7  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  27.6 
 
 
371 aa  95.5  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  25.48 
 
 
416 aa  90.5  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  24.94 
 
 
422 aa  90.5  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  26.34 
 
 
419 aa  89.4  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  22.42 
 
 
453 aa  87.8  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  24.7 
 
 
413 aa  87.4  4e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  31.16 
 
 
419 aa  85.9  1e-15  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  23.67 
 
 
483 aa  86.3  1e-15  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  21.59 
 
 
375 aa  85.9  1e-15  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  26.54 
 
 
385 aa  85.1  2e-15  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.75 
 
 
438 aa  83.2  8e-15  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  27.87 
 
 
464 aa  82.4  1e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  22.1 
 
 
424 aa  82.8  1e-14  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  31.74 
 
 
427 aa  81.6  2e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  23.62 
 
 
402 aa  81.6  2e-14  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  28.4 
 
 
416 aa  81.3  3e-14  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  27.9 
 
 
417 aa  78.6  2e-13  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  25.79 
 
 
374 aa  79  2e-13  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  29.71 
 
 
380 aa  78.2  2e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  22.54 
 
 
549 aa  77  6e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 
457 aa  76.6  7e-13  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  30.06 
 
 
775 aa  76.6  8e-13  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  24.7 
 
 
412 aa  76.6  8e-13  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  22.34 
 
 
412 aa  75.1  2e-12  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  22.83 
 
 
420 aa  74.7  3e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  23.25 
 
 
432 aa  73.9  4e-12  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  29.19 
 
 
595 aa  72.8  1e-11  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.36 
 
 
429 aa  72  2e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.07 
 
 
428 aa  70.9  4e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.88 
 
 
453 aa  70.9  4e-11  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  25.47 
 
 
422 aa  70.5  5e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.84 
 
 
384 aa  70.1  7e-11  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  23.44 
 
 
380 aa  69.7  9e-11  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  21.71 
 
 
471 aa  69.3  1e-10  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  25.87 
 
 
430 aa  68.9  2e-10  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  23.99 
 
 
440 aa  68.6  2e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  21.95 
 
 
349 aa  67.8  4e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  22.79 
 
 
451 aa  67  6e-10  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 
485 aa  65.9  1e-09  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  28.03 
 
 
429 aa  65.9  1e-09  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  25.95 
 
 
461 aa  66.2  1e-09  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 
473 aa  65.5  2e-09  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  23.71 
 
 
411 aa  65.5  2e-09  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  22.92 
 
 
411 aa  65.5  2e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.56 
 
 
390 aa  63.5  7e-09  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  2.69296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  25.96 
 
 
415 aa  63.5  7e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  26.8 
 
 
296 aa  62.8  1e-08  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  24.6 
 
 
398 aa  62.4  1e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.25 
 
 
433 aa  61.6  2e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  6.77276e-06 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  23.13 
 
 
428 aa  62  2e-08  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  25.97 
 
 
409 aa  61.6  2e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  25.97 
 
 
409 aa  61.6  2e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.74 
 
 
415 aa  61.2  3e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.32 
 
 
456 aa  60.1  6e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  22.04 
 
 
479 aa  59.7  9e-08  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  24.09 
 
 
400 aa  58.9  2e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  24.7 
 
 
416 aa  58.5  2e-07  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.29 
 
 
439 aa  58.9  2e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 
425 aa  57.8  3e-07  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 
390 aa  58.2  3e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  20.76 
 
 
417 aa  58.2  3e-07  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.73 
 
 
462 aa  55.8  1e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  22.95 
 
 
405 aa  54.7  3e-06  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.02 
 
 
528 aa  54.7  3e-06  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.44 
 
 
373 aa  53.9  4e-06  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  23.25 
 
 
391 aa  54.3  4e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.65 
 
 
476 aa  53.1  8e-06  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0545  hypothetical protein  23.36 
 
 
701 aa  52.8  1e-05  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.07 
 
 
390 aa  51.6  2e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 
437 aa  52  2e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.1 
 
 
423 aa  51.6  3e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  24.13 
 
 
401 aa  51.2  3e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.65 
 
 
411 aa  50.1  7e-05  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>