More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A1641 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 420 aa  855    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0628  diaminopimelate decarboxylase  77.09 
 
 		 420 aa  682    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  68.75 
 
 		 416 aa  619  1e-176  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00760  diaminopimelate decarboxylase  58.12 
 
 		 445 aa  515  1.0000000000000001e-145  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3249  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.86 
 
 		 421 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0302  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  57.95 
 
 		 419 aa  490  1e-137  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28180  diaminopimelate decarboxylase  53.06 
 
 		 432 aa  470  1.0000000000000001e-131  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000200142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1355  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.95 
 
 		 421 aa  461  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.146910000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2859  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  55.94 
 
 		 421 aa  464  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000208534  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1225  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.4 
 
 		 413 aa  454  1e-127  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1405  diaminopimelate decarboxylase  54.63 
 
 		 419 aa  458  1e-127  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2135  diaminopimelate decarboxylase  55.33 
 
 		 418 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329469  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0514  Diaminopimelate decarboxylase  50.6 
 
 		 434 aa  434  1e-120  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00534186 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0299  diaminopimelate decarboxylase  50.49 
 
 		 417 aa  427  1e-118  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000126182  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 402 aa  215  9.999999999999999e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 430 aa  204  2e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  30.68 
 
 		 429 aa  192  8e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  31.11 
 
 		 430 aa  191  2e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  31.16 
 
 		 406 aa  190  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  31.19 
 
 		 430 aa  190  5e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  35.48 
 
 		 382 aa  189  8e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  32.07 
 
 		 398 aa  188  2e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  30.83 
 
 		 407 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 386 aa  179  7e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  29.43 
 
 		 433 aa  179  8e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  29.54 
 
 		 409 aa  179  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 		 410 aa  177  3e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 386 aa  177  4e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  31.23 
 
 		 419 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  29.53 
 
 		 434 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  31.54 
 
 		 410 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  29.81 
 
 		 416 aa  173  5.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  30.81 
 
 		 410 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  30.57 
 
 		 410 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  30.62 
 
 		 441 aa  171  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  30.67 
 
 		 421 aa  169  6e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  32.13 
 
 		 435 aa  169  8e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  31.44 
 
 		 415 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  30.66 
 
 		 440 aa  167  2e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  33.67 
 
 		 416 aa  166  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  28.87 
 
 		 466 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  28.78 
 
 		 424 aa  166  8e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  31.85 
 
 		 420 aa  166  8e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  30.12 
 
 		 425 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0515  diaminopimelate decarboxylase  32.46 
 
 		 436 aa  161  2e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.843079  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  31.07 
 
 		 418 aa  161  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 		 399 aa  162  2e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  29.11 
 
 		 420 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  29.34 
 
 		 420 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  29.11 
 
 		 420 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  29.11 
 
 		 420 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  29.11 
 
 		 420 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  29.11 
 
 		 420 aa  160  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  29.11 
 
 		 420 aa  160  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  29.34 
 
 		 420 aa  160  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  29.34 
 
 		 420 aa  160  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  29.2 
 
 		 421 aa  160  6e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  30.05 
 
 		 418 aa  159  8e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  32.04 
 
 		 393 aa  159  8e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  32.31 
 
 		 436 aa  159  9e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  28.75 
 
 		 406 aa  159  9e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  28.64 
 
 		 431 aa  158  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  30.81 
 
 		 859 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  30.42 
 
 		 434 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  32.11 
 
 		 412 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  32.51 
 
 		 407 aa  157  4e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 		 453 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  31.7 
 
 		 401 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.84 
 
 		 436 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  28.69 
 
 		 859 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  29.98 
 
 		 435 aa  155  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  31.27 
 
 		 402 aa  154  2e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  29.66 
 
 		 445 aa  155  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  31.27 
 
 		 402 aa  155  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1141  diaminopimelate decarboxylase  27.83 
 
 		 438 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  28.99 
 
 		 417 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1130  diaminopimelate decarboxylase  28.29 
 
 		 447 aa  153  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.153124  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  31.27 
 
 		 402 aa  153  5e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 		 419 aa  153  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  27.66 
 
 		 412 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  29.31 
 
 		 423 aa  152  8e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07140  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 		 448 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.993125  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3940  diaminopimelate decarboxylase  29.06 
 
 		 461 aa  151  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  28.01 
 
 		 416 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  30.47 
 
 		 403 aa  151  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  31.88 
 
 		 412 aa  151  2e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  29.63 
 
 		 415 aa  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  26.91 
 
 		 418 aa  150  3e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  28.78 
 
 		 440 aa  150  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  30.9 
 
 		 401 aa  150  5e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 		 445 aa  150  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  29.63 
 
 		 415 aa  150  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  29.38 
 
 		 416 aa  150  6e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  29.17 
 
 		 394 aa  149  7e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  29.8 
 
 		 422 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1473  diaminopimelate decarboxylase  31.13 
 
 		 436 aa  149  8e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2466  diaminopimelate decarboxylase  28.3 
 
 		 463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.093066  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  28.3 
 
 		 420 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  28.88 
 
 		 420 aa  148  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>