111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0899 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  100 
 
 		 396 aa  800    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  29.24 
 
 		 846 aa  156  6e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  42.7 
 
 		 501 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  36.1 
 
 		 463 aa  142  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  43.03 
 
 		 429 aa  142  9e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  36 
 
 		 340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  45.51 
 
 		 471 aa  139  1e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  45.91 
 
 		 538 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  41.95 
 
 		 469 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  43.16 
 
 		 390 aa  138  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  39.78 
 
 		 495 aa  133  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  37.16 
 
 		 587 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  38.83 
 
 		 427 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  38.33 
 
 		 412 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  38.46 
 
 		 364 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.82 
 
 		 459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  28.99 
 
 		 487 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  33.48 
 
 		 597 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.34 
 
 		 373 aa  102  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  26.27 
 
 		 412 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  30.71 
 
 		 575 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  27.17 
 
 		 434 aa  97.4  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.35 
 
 		 565 aa  97.4  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.81 
 
 		 429 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.74 
 
 		 444 aa  95.5  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  26.1 
 
 		 442 aa  94  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  25.88 
 
 		 263 aa  94  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  30.88 
 
 		 372 aa  92.8  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  33.54 
 
 		 564 aa  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.42 
 
 		 386 aa  92  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  35.5 
 
 		 549 aa  90.9  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  27.15 
 
 		 401 aa  90.1  6e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  30.8 
 
 		 363 aa  89.4  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  28.73 
 
 		 436 aa  88.6  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 		 394 aa  85.5  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.11 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  24.06 
 
 		 380 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  22.22 
 
 		 395 aa  85.9  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  27.44 
 
 		 398 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  25.88 
 
 		 430 aa  83.2  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  23.17 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  27.93 
 
 		 649 aa  80.1  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.33 
 
 		 390 aa  79  0.0000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.4 
 
 		 388 aa  78.6  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  21.45 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.32 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  22.15 
 
 		 392 aa  72.8  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  27.69 
 
 		 500 aa  70.1  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  19.7 
 
 		 393 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.41 
 
 		 390 aa  69.3  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  29.66 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.42 
 
 		 400 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 		 383 aa  64.7  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  27.96 
 
 		 364 aa  63.5  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.69 
 
 		 422 aa  63.5  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  23.29 
 
 		 386 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.04 
 
 		 433 aa  61.6  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  22.8 
 
 		 420 aa  60.8  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  25.36 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  24.05 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  26.5 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  23.5 
 
 		 426 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  23.5 
 
 		 409 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  26.11 
 
 		 441 aa  57.8  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  30.09 
 
 		 397 aa  56.6  0.0000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22 
 
 		 456 aa  56.6  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  23.98 
 
 		 391 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  22.22 
 
 		 396 aa  55.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  26.45 
 
 		 407 aa  55.5  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.98 
 
 		 425 aa  55.1  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0262  type I restriction-modification system specificity determinant  30.19 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.874092  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.73 
 
 		 378 aa  54.3  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  20.64 
 
 		 417 aa  53.5  0.000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.76 
 
 		 388 aa  53.5  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  26.97 
 
 		 290 aa  52.4  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.01 
 
 		 401 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  28.79 
 
 		 1285 aa  51.2  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  23.21 
 
 		 354 aa  50.4  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.52 
 
 		 423 aa  50.4  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  24.16 
 
 		 419 aa  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  23.12 
 
 		 382 aa  49.7  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.65 
 
 		 439 aa  49.3  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  24.34 
 
 		 416 aa  48.5  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  22.29 
 
 		 417 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  30.77 
 
 		 429 aa  48.9  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.53 
 
 		 432 aa  47.8  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.81 
 
 		 382 aa  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.09 
 
 		 642 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.75 
 
 		 412 aa  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  26.55 
 
 		 392 aa  47.8  0.0004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  20.8 
 
 		 438 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  27.13 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  23.21 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.54 
 
 		 479 aa  45.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  21.21 
 
 		 414 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  18.64 
 
 		 429 aa  45.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.06 
 
 		 453 aa  45.1  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  27.72 
 
 		 372 aa  45.4  0.002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>