More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1947 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 359 aa  734    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  63.39 
 
 		 369 aa  468  1.0000000000000001e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  63.66 
 
 		 369 aa  468  1.0000000000000001e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  64.54 
 
 		 346 aa  458  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  65.92 
 
 		 348 aa  448  1e-125  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  63.61 
 
 		 353 aa  449  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  63.61 
 
 		 353 aa  449  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  62.4 
 
 		 354 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  63.06 
 
 		 353 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  62.88 
 
 		 360 aa  437  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  60 
 
 		 357 aa  431  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  62.85 
 
 		 358 aa  428  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  59.18 
 
 		 358 aa  427  1e-118  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  63.51 
 
 		 352 aa  424  1e-117  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  60.11 
 
 		 369 aa  420  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  59.83 
 
 		 366 aa  421  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  59.73 
 
 		 363 aa  417  9.999999999999999e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  58.33 
 
 		 365 aa  414  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  59.3 
 
 		 366 aa  404  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  58.86 
 
 		 371 aa  394  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  56.94 
 
 		 361 aa  388  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  55.31 
 
 		 358 aa  385  1e-106  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  53.5 
 
 		 408 aa  384  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  56.28 
 
 		 353 aa  382  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  58.17 
 
 		 390 aa  381  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  54.62 
 
 		 353 aa  373  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  53.48 
 
 		 360 aa  372  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  54.62 
 
 		 353 aa  373  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  53.64 
 
 		 359 aa  367  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  53.26 
 
 		 351 aa  362  8e-99  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  59.75 
 
 		 374 aa  359  3e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  49.45 
 
 		 346 aa  333  2e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  50.87 
 
 		 350 aa  324  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  52.89 
 
 		 311 aa  318  1e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  49.44 
 
 		 342 aa  312  6.999999999999999e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  45.71 
 
 		 374 aa  300  3e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  45.33 
 
 		 345 aa  285  8e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  48.02 
 
 		 366 aa  282  5.000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  44.7 
 
 		 365 aa  279  6e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  41.43 
 
 		 339 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  40.57 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  41.64 
 
 		 341 aa  256  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  44.09 
 
 		 314 aa  256  5e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  40.97 
 
 		 337 aa  249  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  39.19 
 
 		 341 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  43.82 
 
 		 341 aa  222  8e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  43.07 
 
 		 341 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  42.77 
 
 		 341 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  33.73 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  33.64 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  36.98 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  35.42 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.2 
 
 		 582 aa  126  6e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  30.72 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  33.84 
 
 		 321 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.54 
 
 		 436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  30.08 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1649  ATP dependent DNA ligase  31.78 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  28 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.7 
 
 		 495 aa  106  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.77 
 
 		 583 aa  106  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  30.08 
 
 		 861 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  30.56 
 
 		 608 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  26.41 
 
 		 902 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  31.12 
 
 		 603 aa  102  8e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  32.19 
 
 		 847 aa  102  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.05 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  29.19 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  29.46 
 
 		 847 aa  99.4  8e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  32.11 
 
 		 477 aa  96.3  7e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  34.62 
 
 		 852 aa  95.9  9e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  27.98 
 
 		 877 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  27.19 
 
 		 285 aa  94.7  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  32.21 
 
 		 825 aa  94  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  33.71 
 
 		 329 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  33.71 
 
 		 329 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  25.98 
 
 		 646 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  28.85 
 
 		 896 aa  92.8  9e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.51 
 
 		 509 aa  92  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.8 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.72 
 
 		 553 aa  91.7  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  29.93 
 
 		 584 aa  92  2e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  29.47 
 
 		 656 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  28.65 
 
 		 508 aa  90.9  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  29.93 
 
 		 584 aa  90.9  3e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  30.12 
 
 		 546 aa  91.3  3e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  28.47 
 
 		 584 aa  90.1  5e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  28.29 
 
 		 520 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  28.29 
 
 		 520 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  28.29 
 
 		 520 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29 
 
 		 657 aa  89.4  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  33.33 
 
 		 376 aa  89  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  31.73 
 
 		 822 aa  87.8  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  25.46 
 
 		 324 aa  87.8  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  29.83 
 
 		 871 aa  86.7  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30 
 
 		 531 aa  86.7  7e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.94 
 
 		 594 aa  86.3  7e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  25.07 
 
 		 567 aa  85.5  0.000000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.97 
 
 		 522 aa  85.9  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.9 
 
 		 562 aa  85.5  0.000000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>