More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1017 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 		 1071 aa  766    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1323 aa  2706    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3243  PAS sensor protein  89.27 
 
 		 1323 aa  2410    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1117  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  59.11 
 
 		 770 aa  576  1.0000000000000001e-162  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 		 1069 aa  551  1e-155  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.095908  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1502  Histidine kinase  40.68 
 
 		 919 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1498  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.92 
 
 		 1070 aa  495  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.308131  normal  0.537019 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.18 
 
 		 1069 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  38.01 
 
 		 950 aa  487  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  40.53 
 
 		 927 aa  484  1e-135  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1429  hypothetical protein  47.6 
 
 		 910 aa  480  1e-134  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  40.09 
 
 		 906 aa  473  1.0000000000000001e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  44.2 
 
 		 1079 aa  472  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  46.51 
 
 		 1100 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  40.75 
 
 		 903 aa  464  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.63 
 
 		 1070 aa  462  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  39.31 
 
 		 913 aa  459  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.02 
 
 		 1088 aa  451  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 		 919 aa  451  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  44.07 
 
 		 1087 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  31.28 
 
 		 1159 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.55 
 
 		 1152 aa  449  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 		 1156 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  43.56 
 
 		 1087 aa  449  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  31.17 
 
 		 1159 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  37.86 
 
 		 1083 aa  444  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.69 
 
 		 932 aa  442  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  30.9 
 
 		 1150 aa  442  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0715  Na+/solute symporter  39.81 
 
 		 1039 aa  437  1e-121  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.723376  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  41.9 
 
 		 1082 aa  434  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  39.78 
 
 		 935 aa  436  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.34 
 
 		 920 aa  436  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.29 
 
 		 1171 aa  429  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  29.07 
 
 		 1174 aa  426  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2061  Na+/solute symporter  39.14 
 
 		 671 aa  426  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.274324 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  29.85 
 
 		 1161 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5184  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.09 
 
 		 939 aa  411  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.0776559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.46 
 
 		 1158 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.68 
 
 		 1159 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.86 
 
 		 1159 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0666  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 		 917 aa  412  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.220304  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.39 
 
 		 1159 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.85 
 
 		 1168 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.06 
 
 		 1174 aa  406  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.99 
 
 		 1167 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0169  Na+/solute symporter  37.84 
 
 		 894 aa  398  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0827667  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.68 
 
 		 894 aa  396  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.27583 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.29 
 
 		 901 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  28.23 
 
 		 1169 aa  387  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.7 
 
 		 945 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.396366 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1474  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.36 
 
 		 894 aa  380  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  29.34 
 
 		 1148 aa  378  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 		 896 aa  374  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.808684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.51 
 
 		 897 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.263667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.29 
 
 		 1172 aa  363  1e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2148  Cache sensor hybrid histidine kinase  39.65 
 
 		 937 aa  362  2e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  41.06 
 
 		 2051 aa  361  4e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.417988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.53 
 
 		 1316 aa  361  4e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 		 893 aa  360  7e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194917  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  37.03 
 
 		 1168 aa  357  5.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2508  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.94 
 
 		 784 aa  351  5e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.033945 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6547  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.76 
 
 		 865 aa  348  3e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.325935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 		 1168 aa  346  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 1163 aa  342  2.9999999999999998e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6237  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.65 
 
 		 721 aa  341  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.73 
 
 		 1175 aa  338  5e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.73 
 
 		 1168 aa  338  5e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  36.11 
 
 		 1179 aa  337  5.999999999999999e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 1172 aa  336  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.22 
 
 		 1169 aa  332  3e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0068  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  26.28 
 
 		 1156 aa  329  2.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.64 
 
 		 1169 aa  329  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37 
 
 		 1170 aa  327  8.000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4135  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 		 922 aa  325  3e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000370631  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 1169 aa  323  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.98 
 
 		 1058 aa  322  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 1169 aa  320  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3975  Cache sensor hybrid histidine kinase  39.43 
 
 		 811 aa  319  3e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000222358  hitchhiker  0.00723661 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  35.53 
 
 		 1157 aa  318  6e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.73 
 
 		 1158 aa  317  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6560  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.37 
 
 		 720 aa  317  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441976  normal  0.646619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  33.89 
 
 		 1169 aa  315  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.73 
 
 		 1168 aa  312  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4154  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 		 750 aa  312  2.9999999999999997e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.22479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 		 1145 aa  310  1.0000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.34 
 
 		 1172 aa  309  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 		 989 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 		 989 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.86 
 
 		 1177 aa  305  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4079  sensor histidine kinase/response regulator  37.97 
 
 		 1161 aa  304  6.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1864  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.64 
 
 		 1159 aa  304  9e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0562222 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62530  two-component sensor CbrA  27.73 
 
 		 983 aa  303  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5442  two-component sensor CbrA  27.64 
 
 		 983 aa  302  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  35.03 
 
 		 1145 aa  301  5e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.47 
 
 		 1146 aa  301  8e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248753 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.48 
 
 		 981 aa  300  2e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000864337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1762  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 		 1146 aa  299  3e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.468259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  33.17 
 
 		 1147 aa  298  6e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3211  histidine kinase  37.5 
 
 		 781 aa  297  7e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.306218  normal  0.65795 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0072  histidine kinase  38.55 
 
 		 810 aa  297  7e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>