297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_139 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  100 
 
 		 190 aa  373  1e-102  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0132  rhomboid family protein  90.53 
 
 		 190 aa  329  1e-89  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0239  rhomboid family protein  90.53 
 
 		 190 aa  311  2.9999999999999996e-84  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  39.53 
 
 		 205 aa  115  5e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  34.48 
 
 		 279 aa  97.1  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  33.89 
 
 		 207 aa  92.4  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  37.04 
 
 		 267 aa  80.5  0.00000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  34.36 
 
 		 261 aa  75.1  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  33.74 
 
 		 265 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1083  rhomboid family protein  34 
 
 		 172 aa  68.6  0.00000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.400512  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  32.97 
 
 		 234 aa  68.2  0.00000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0786  rhomboid family protein  34.67 
 
 		 172 aa  67.8  0.00000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.169699  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1021  rhomboid family protein  34.67 
 
 		 172 aa  67.8  0.00000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0537483  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1360  Rhomboid family protein  33.14 
 
 		 492 aa  67  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165337  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  29.84 
 
 		 292 aa  67  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  33.7 
 
 		 209 aa  67  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  31.67 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  31.64 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  30.82 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  31.67 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  27.27 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  31.11 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  30.63 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5314  rhomboid family protein  33.93 
 
 		 496 aa  65.1  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63242 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  33.58 
 
 		 554 aa  65.1  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  31.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  31.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  30.41 
 
 		 223 aa  64.3  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  35.06 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  29.7 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1552  Rhomboid family protein  33.15 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000315131 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  32.48 
 
 		 365 aa  63.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  35.25 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  34.03 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  39.42 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  31.01 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  27.75 
 
 		 280 aa  62.4  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05400  hypothetical protein  31.97 
 
 		 330 aa  62  0.000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0369764  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  30.92 
 
 		 356 aa  62  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  28.98 
 
 		 232 aa  62  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  29.61 
 
 		 342 aa  61.6  0.000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  34.91 
 
 		 252 aa  61.6  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  30.19 
 
 		 227 aa  61.2  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  31.13 
 
 		 263 aa  61.2  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  30.19 
 
 		 230 aa  61.2  0.000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  34.78 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  29.89 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  33.81 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  30.05 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  30.17 
 
 		 342 aa  60.5  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  29.28 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  33.81 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  35 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  33.09 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0599  AN1-type Zinc finger protein  32.24 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.715069  normal  0.614872 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  34.29 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  28.33 
 
 		 249 aa  59.3  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2965  Rhomboid family protein  33.91 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.58204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  32.91 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  31.13 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  31.3 
 
 		 303 aa  58.2  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  29.38 
 
 		 290 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  29.63 
 
 		 371 aa  58.2  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  30.07 
 
 		 248 aa  57.8  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  28.75 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  28.49 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  36.43 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  33.57 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  30.09 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  27.5 
 
 		 276 aa  57.4  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0732  conserved hypothetical integral membrane protein, Rhomboid family  30.92 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000749647  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  32.14 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  33.11 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  32.87 
 
 		 298 aa  57  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  28.96 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  30.28 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  30.57 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01372  rhomboid family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G09150)  30 
 
 		 571 aa  56.2  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  30.5 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  27.78 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  30 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  33.57 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  28.29 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  35.97 
 
 		 359 aa  55.5  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1090  rhomboid family protein  32.06 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  30.41 
 
 		 292 aa  55.5  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  27.32 
 
 		 273 aa  55.5  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  29.58 
 
 		 486 aa  55.1  0.0000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  34.51 
 
 		 284 aa  55.1  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  36.94 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  27.68 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.64 
 
 		 239 aa  55.1  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1367  Rhomboid family protein  39.45 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.870184  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  29.93 
 
 		 252 aa  54.7  0.0000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  29.56 
 
 		 231 aa  54.7  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  28.28 
 
 		 273 aa  54.7  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  29.79 
 
 		 221 aa  54.7  0.0000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  33.55 
 
 		 214 aa  54.7  0.0000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>