More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2318 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  100 
 
 		 188 aa  383  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  78.33 
 
 		 184 aa  290  6e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  76.8 
 
 		 186 aa  285  4e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  61.96 
 
 		 186 aa  234  7e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  61.33 
 
 		 184 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 183 aa  159  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  41.76 
 
 		 184 aa  156  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 184 aa  153  1e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  41.57 
 
 		 184 aa  153  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  39.89 
 
 		 184 aa  152  4e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  42.08 
 
 		 184 aa  148  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  39.89 
 
 		 184 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  39.55 
 
 		 184 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  39.89 
 
 		 184 aa  143  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 182 aa  142  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 182 aa  135  4e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07930  cupin domain-containing protein  35.56 
 
 		 194 aa  120  9.999999999999999e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.211936  normal  0.409576 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17340  cupin domain-containing protein  35.96 
 
 		 186 aa  116  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  32.61 
 
 		 200 aa  106  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1702  transcriptional regulator, XRE family  34.46 
 
 		 183 aa  102  3e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 192 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 191 aa  99  3e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  29.61 
 
 		 193 aa  97.1  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 187 aa  96.7  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  30.94 
 
 		 192 aa  93.6  1e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 187 aa  91.3  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 192 aa  87  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 187 aa  86.7  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  29.03 
 
 		 192 aa  86.3  3e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 188 aa  85.9  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 204 aa  85.5  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 187 aa  85.5  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 192 aa  85.1  6e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.03 
 
 		 196 aa  84.7  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 192 aa  84.7  7e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.7 
 
 		 503 aa  82.4  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 220 aa  82.4  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  28.65 
 
 		 189 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  26.23 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 180 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 180 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 180 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 179 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 180 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  31.41 
 
 		 212 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 180 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 180 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 180 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 180 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 189 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  27.49 
 
 		 217 aa  77  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 200 aa  76.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  31.98 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  27.88 
 
 		 503 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  31.61 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  30.17 
 
 		 187 aa  75.1  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  30.64 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  27.32 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  31.69 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 180 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  29.24 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  28.81 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  28.81 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  28.81 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  27.43 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  27.43 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 		 199 aa  71.2  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  26.97 
 
 		 211 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  26.23 
 
 		 197 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 		 199 aa  70.5  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  27.66 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  28.18 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>