More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1447 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 
578 aa  1182    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  59.62 
 
 
541 aa  613  9.999999999999999e-175  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  57.41 
 
 
558 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  45 
 
 
525 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  45.33 
 
 
547 aa  415  1e-114  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  44.38 
 
 
526 aa  392  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.24 
 
 
332 aa  226  8e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  43.13 
 
 
311 aa  226  9e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  43 
 
 
326 aa  224  3e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  40.06 
 
 
305 aa  223  7e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  42.49 
 
 
311 aa  223  7e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 
306 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  42.81 
 
 
323 aa  222  1.9999999999999999e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  41.07 
 
 
319 aa  222  1.9999999999999999e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  43.65 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  40.8 
 
 
313 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  36.98 
 
 
329 aa  217  4e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.96 
 
 
303 aa  217  4e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.84 
 
 
312 aa  216  8e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  39.62 
 
 
306 aa  216  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  37.94 
 
 
300 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.12 
 
 
310 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  41.61 
 
 
331 aa  213  7e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.29 
 
 
300 aa  213  7e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  39.12 
 
 
318 aa  213  9e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.85 
 
 
313 aa  212  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  41.88 
 
 
315 aa  210  6e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  38.8 
 
 
318 aa  209  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  40.41 
 
 
377 aa  209  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  39.62 
 
 
306 aa  209  1e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  42.63 
 
 
315 aa  209  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.69 
 
 
313 aa  208  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  41.1 
 
 
322 aa  208  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  37.66 
 
 
305 aa  208  3e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.3 
 
 
306 aa  207  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.1 
 
 
323 aa  207  6e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.03 
 
 
343 aa  206  8e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  37.92 
 
 
314 aa  206  1e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  42.3 
 
 
311 aa  205  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.77 
 
 
322 aa  204  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.47 
 
 
343 aa  204  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  39.43 
 
 
320 aa  203  6e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.21 
 
 
344 aa  203  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.53 
 
 
302 aa  203  6e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  38.14 
 
 
302 aa  203  8e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.82 
 
 
302 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  41.83 
 
 
319 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.14 
 
 
310 aa  202  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  40.62 
 
 
326 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.44 
 
 
301 aa  202  9.999999999999999e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.94 
 
 
347 aa  202  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  37.9 
 
 
344 aa  202  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  41.46 
 
 
346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.33 
 
 
304 aa  202  1.9999999999999998e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.5 
 
 
302 aa  201  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  37.5 
 
 
302 aa  201  3e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.49 
 
 
323 aa  201  3e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  39.45 
 
 
356 aa  201  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
302 aa  201  3e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  40.97 
 
 
316 aa  201  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.53 
 
 
316 aa  201  3.9999999999999996e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.42 
 
 
302 aa  200  5e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.24 
 
 
304 aa  200  5e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  39.62 
 
 
320 aa  200  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.94 
 
 
302 aa  200  5e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  39 
 
 
344 aa  200  5e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  41.5 
 
 
319 aa  200  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
302 aa  200  7e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.66 
 
 
319 aa  200  7e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  41.27 
 
 
318 aa  200  7e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  43.34 
 
 
345 aa  200  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.39 
 
 
333 aa  200  7e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.3 
 
 
300 aa  199  7.999999999999999e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.3 
 
 
334 aa  199  9e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  36.81 
 
 
323 aa  199  1.0000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  40.91 
 
 
319 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  39.62 
 
 
323 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 
334 aa  198  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.1 
 
 
302 aa  199  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  40.13 
 
 
322 aa  197  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  41.88 
 
 
313 aa  197  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  37.73 
 
 
315 aa  198  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.85 
 
 
306 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  38.87 
 
 
302 aa  197  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  38.68 
 
 
323 aa  197  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  36.93 
 
 
344 aa  196  7e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  39.31 
 
 
324 aa  196  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.98 
 
 
334 aa  196  8.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.62 
 
 
324 aa  196  9e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  38.77 
 
 
327 aa  196  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  39.3 
 
 
482 aa  196  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  38.68 
 
 
304 aa  195  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.54 
 
 
322 aa  195  2e-48  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  42.41 
 
 
343 aa  195  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  42.41 
 
 
343 aa  195  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.68 
 
 
324 aa  194  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 
320 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.13 
 
 
400 aa  194  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  39.81 
 
 
319 aa  194  3e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>