More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7237 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  100 
 
 
234 aa  493  9.999999999999999e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.07 
 
 
235 aa  184  9e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  38.6 
 
 
235 aa  170  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  36.86 
 
 
239 aa  166  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  37.02 
 
 
234 aa  160  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.46 
 
 
246 aa  160  1e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.17 
 
 
248 aa  156  3e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  36.09 
 
 
239 aa  136  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 
234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  35.17 
 
 
235 aa  135  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.21 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.09 
 
 
247 aa  118  7.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.84 
 
 
245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.09 
 
 
248 aa  115  6e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.01 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.36 
 
 
247 aa  113  3e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2239  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  31.25 
 
 
244 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  29.36 
 
 
251 aa  102  6e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.22 
 
 
242 aa  96.7  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  32.42 
 
 
249 aa  95.5  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 
244 aa  94.4  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.36 
 
 
244 aa  94.4  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.2 
 
 
249 aa  92.8  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  30.58 
 
 
245 aa  92  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 
244 aa  92  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.34 
 
 
242 aa  91.3  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.28 
 
 
247 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  27.35 
 
 
230 aa  91.3  1e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.97 
 
 
245 aa  90.9  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.02 
 
 
240 aa  90.1  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.18 
 
 
239 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.88 
 
 
242 aa  89  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.85 
 
 
255 aa  89  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.55 
 
 
245 aa  88.2  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.01 
 
 
238 aa  87.8  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.3 
 
 
245 aa  87.8  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.07 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  27.73 
 
 
242 aa  88.2  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  29.78 
 
 
240 aa  88.2  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.38 
 
 
247 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.79 
 
 
249 aa  87.8  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.62 
 
 
257 aa  87.4  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.27 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.37 
 
 
255 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.37 
 
 
255 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
240 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  27.57 
 
 
251 aa  85.9  5e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  25.91 
 
 
248 aa  85.9  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.07 
 
 
239 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.64 
 
 
255 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.64 
 
 
255 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
239 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.75 
 
 
243 aa  85.1  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.54 
 
 
255 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  28.37 
 
 
246 aa  84  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.19 
 
 
250 aa  84  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  29.22 
 
 
244 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.43 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.63 
 
 
250 aa  83.2  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  27.97 
 
 
245 aa  83.2  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.94 
 
 
254 aa  83.6  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.11 
 
 
251 aa  83.2  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.53 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  28.83 
 
 
245 aa  82.4  0.000000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
240 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.79 
 
 
251 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
257 aa  82  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.28 
 
 
239 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  27.19 
 
 
245 aa  82  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.44 
 
 
254 aa  82  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
241 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  28.04 
 
 
244 aa  81.3  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.36 
 
 
246 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.67 
 
 
255 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.36 
 
 
250 aa  81.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0100  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.09 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
238 aa  80.5  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  27.27 
 
 
249 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
239 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  28.3 
 
 
243 aa  79.7  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  24.68 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.66 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.93 
 
 
239 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_6230  predicted protein  27.09 
 
 
246 aa  80.1  0.00000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  30.23 
 
 
248 aa  80.1  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  27.8 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.88 
 
 
256 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  27.39 
 
 
267 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  27.8 
 
 
242 aa  79  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.79 
 
 
251 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  28.09 
 
 
249 aa  79  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.96 
 
 
244 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>