More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1595 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  96.35 
 
 		 411 aa  790    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 411 aa  822    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  41.67 
 
 		 386 aa  276  5e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 		 377 aa  261  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  42.33 
 
 		 472 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  40.86 
 
 		 398 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  41.28 
 
 		 385 aa  256  6e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  41.28 
 
 		 385 aa  256  7e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  40.05 
 
 		 385 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  39.67 
 
 		 408 aa  249  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  39.39 
 
 		 386 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 		 423 aa  240  4e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  39.89 
 
 		 480 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  38.4 
 
 		 392 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  38.44 
 
 		 382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  39.43 
 
 		 374 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  35.87 
 
 		 388 aa  216  5e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  38.94 
 
 		 393 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  37.16 
 
 		 377 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  35.36 
 
 		 379 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  39.13 
 
 		 375 aa  207  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  39.17 
 
 		 380 aa  203  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  34.74 
 
 		 386 aa  202  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  36.59 
 
 		 426 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 		 386 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 		 380 aa  193  4e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  36.16 
 
 		 378 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  36.58 
 
 		 382 aa  192  8e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  34.14 
 
 		 374 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  33.87 
 
 		 374 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  37.85 
 
 		 385 aa  189  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 370 aa  186  9e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  32.89 
 
 		 416 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  32.89 
 
 		 416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  39.16 
 
 		 378 aa  184  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 370 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  33.14 
 
 		 370 aa  182  7e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  33.02 
 
 		 367 aa  178  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  34.27 
 
 		 395 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  38.94 
 
 		 382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  38.94 
 
 		 382 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 425 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  33.24 
 
 		 496 aa  170  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 403 aa  169  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 		 368 aa  169  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  32.61 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  34.92 
 
 		 373 aa  167  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  33.53 
 
 		 384 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  35.12 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 383 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 		 371 aa  163  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  35.12 
 
 		 385 aa  163  6e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 		 377 aa  162  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 		 377 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  32.87 
 
 		 497 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  35.92 
 
 		 592 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  32.68 
 
 		 517 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  32.12 
 
 		 519 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 383 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  34.1 
 
 		 342 aa  154  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 		 384 aa  152  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  30.16 
 
 		 539 aa  147  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  31 
 
 		 383 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 		 386 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  31.25 
 
 		 512 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 386 aa  142  9.999999999999999e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  35.45 
 
 		 430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 378 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  30.7 
 
 		 403 aa  136  6.0000000000000005e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 382 aa  136  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 		 383 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  32.61 
 
 		 394 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.06 
 
 		 388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.53 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 		 363 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 387 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  27.23 
 
 		 438 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 		 388 aa  127  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 		 388 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 387 aa  126  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 389 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 392 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 		 388 aa  120  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  29.64 
 
 		 434 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 		 408 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 		 383 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 		 379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  24.93 
 
 		 394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 383 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 390 aa  113  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 		 372 aa  113  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.55 
 
 		 425 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0358  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 		 386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00342329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 		 391 aa  111  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 436 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 398 aa  110  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 407 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>