More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3383 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 271 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  97.42 
 
 		 297 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  42.44 
 
 		 282 aa  195  8.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  40.64 
 
 		 271 aa  189  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  35.23 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 285 aa  162  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  37.05 
 
 		 276 aa  161  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 267 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  39.83 
 
 		 246 aa  155  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2241  helix-turn-helix domain-containing protein  33.94 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  33.81 
 
 		 280 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  38.31 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4026  AraC family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 276 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3966  AraC family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 276 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0381394 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3952  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 262 aa  143  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.79 
 
 		 284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 276 aa  123  4e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  34.4 
 
 		 280 aa  122  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 248 aa  119  7e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.27 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  35.18 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 272 aa  99  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.05 
 
 		 268 aa  94.7  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  31.87 
 
 		 263 aa  94  3e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 260 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 269 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.41 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 271 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  23.19 
 
 		 279 aa  79  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 244 aa  75.9  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  33.15 
 
 		 256 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  24.42 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 264 aa  72.4  0.000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 229 aa  72  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  72  0.000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  21.37 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 276 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 267 aa  69.3  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  45.45 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  29.58 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.51 
 
 		 265 aa  67.8  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  22.59 
 
 		 259 aa  68.2  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 287 aa  67  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 251 aa  67  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 273 aa  66.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  25.56 
 
 		 277 aa  65.5  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 253 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.28 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5515  transcriptional regulator, AraC family  25.12 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184351  normal  0.0529906 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  37.27 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2338  AraC family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.317534  normal  0.710284 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0974  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.323377  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  20.75 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 257 aa  63.5  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  30.73 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 277 aa  62  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 256 aa  62  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 277 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 272 aa  60.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0509  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.86 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.591495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1923  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 254 aa  58.9  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 250 aa  58.2  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 97 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0687  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 293 aa  57.4  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.50177  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1868  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.598218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2110  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0650904 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>