More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4534 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  49.66 
 
 		 776 aa  678    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  50 
 
 		 776 aa  683    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  63.35 
 
 		 791 aa  1021    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  53.82 
 
 		 778 aa  727    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  66.42 
 
 		 791 aa  1079    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  50.41 
 
 		 774 aa  690    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  100 
 
 		 797 aa  1616    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  53.11 
 
 		 769 aa  707    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 692 aa  159  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 715 aa  157  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  27.62 
 
 		 706 aa  155  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  27.77 
 
 		 706 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  27.77 
 
 		 706 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  27.77 
 
 		 721 aa  154  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  27.62 
 
 		 706 aa  154  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  26.71 
 
 		 728 aa  153  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 700 aa  144  8e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 700 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 700 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 700 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 700 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  26.75 
 
 		 700 aa  142  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  26.58 
 
 		 726 aa  142  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  26.75 
 
 		 700 aa  142  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  26.61 
 
 		 727 aa  142  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 700 aa  141  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 700 aa  139  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 688 aa  135  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 720 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 736 aa  126  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 723 aa  123  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 694 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  25.55 
 
 		 743 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 702 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  26.15 
 
 		 715 aa  119  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 715 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 716 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 731 aa  118  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 678 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 717 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 737 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 705 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 742 aa  114  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 701 aa  112  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 698 aa  110  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  24.54 
 
 		 703 aa  110  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 705 aa  105  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 682 aa  103  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 733 aa  103  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 675 aa  103  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 742 aa  101  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 706 aa  99.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.96 
 
 		 712 aa  99.8  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  30.49 
 
 		 701 aa  95.5  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 688 aa  95.1  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 		 726 aa  95.1  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 785 aa  94.4  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 		 681 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 681 aa  94  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 770 aa  93.2  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 800 aa  92.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  24.15 
 
 		 708 aa  91.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 734 aa  90.9  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  23.07 
 
 		 690 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 696 aa  90.1  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 708 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  23.43 
 
 		 742 aa  89  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 		 737 aa  89  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 718 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  23.2 
 
 		 690 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  22.53 
 
 		 678 aa  86.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 709 aa  85.5  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  23.27 
 
 		 723 aa  85.5  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 730 aa  85.1  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 780 aa  84.7  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  23.15 
 
 		 728 aa  84.7  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  22.5 
 
 		 762 aa  84  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 702 aa  82.4  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 688 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 757 aa  79.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3272  TonB-dependent siderophore receptor  30.7 
 
 		 750 aa  79  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.46801  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 700 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  30.6 
 
 		 720 aa  75.5  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  22.64 
 
 		 829 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  34.23 
 
 		 698 aa  75.5  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 723 aa  73.6  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  22.77 
 
 		 736 aa  72.8  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 740 aa  73.2  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.9 
 
 		 681 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  23.02 
 
 		 788 aa  72.8  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 851 aa  72  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 706 aa  71.6  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  25.93 
 
 		 710 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 680 aa  71.6  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  23.11 
 
 		 712 aa  71.6  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2754  TonB-dependent siderophore receptor  24.77 
 
 		 747 aa  71.2  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 714 aa  71.2  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 680 aa  70.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  22 
 
 		 861 aa  70.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  21.43 
 
 		 704 aa  70.1  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>