101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ava_4808 on replicon NC_007413
Organism: Anabaena variabilis ATCC 29413



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  100 
 
 
276 aa  566  1e-160  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  6.03288e-13  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  72.76 
 
 
270 aa  405  1e-112  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  69.78 
 
 
270 aa  394  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  69.78 
 
 
270 aa  394  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  1.72077e-06  unclonable  4.42805e-09 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  73.08 
 
 
274 aa  384  1e-106  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  30.48 
 
 
329 aa  86.7  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  32.3 
 
 
366 aa  78.2  1e-13  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 
299 aa  78.6  1e-13  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  31.31 
 
 
377 aa  75.9  6e-13  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  27.91 
 
 
354 aa  73.9  2e-12  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  27.91 
 
 
354 aa  73.9  2e-12  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  30.27 
 
 
349 aa  73.6  3e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  29.63 
 
 
355 aa  72.8  6e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  29.63 
 
 
355 aa  72.8  6e-12  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  30.92 
 
 
516 aa  72.8  6e-12  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  29.63 
 
 
355 aa  72.8  6e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  28.22 
 
 
367 aa  72.8  6e-12  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  30.53 
 
 
356 aa  72.4  7e-12  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  30.53 
 
 
356 aa  72.4  7e-12  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  30.53 
 
 
349 aa  72  9e-12  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  30.74 
 
 
402 aa  71.6  1e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  30.3 
 
 
513 aa  71.6  1e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.47 
 
 
448 aa  72  1e-11  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  26.58 
 
 
360 aa  70.9  2e-11  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  1.93666e-06  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  28.57 
 
 
564 aa  69.3  6e-11  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  26.6 
 
 
359 aa  68.9  8e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.91 
 
 
354 aa  68.9  8e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  29.86 
 
 
362 aa  68.6  1e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  29.03 
 
 
380 aa  66.6  4e-10  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 
353 aa  65.5  9e-10  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.4 
 
 
350 aa  65.5  1e-09  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  29.84 
 
 
345 aa  64.7  2e-09  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.45 
 
 
373 aa  63.5  4e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  28.92 
 
 
347 aa  62  1e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  28.92 
 
 
401 aa  61.6  1e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  28.29 
 
 
345 aa  62  1e-08  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  27.46 
 
 
330 aa  60.5  3e-08  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.00627e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  28.42 
 
 
542 aa  59.7  5e-08  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  27.81 
 
 
456 aa  57.4  2e-07  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  26.5 
 
 
470 aa  57.8  2e-07  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  25.81 
 
 
340 aa  57  3e-07  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  5.09815e-05  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  23.87 
 
 
355 aa  57  4e-07  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  2.04086e-08  hitchhiker  6.00855e-06 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  25.71 
 
 
348 aa  55.8  8e-07  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  27.68 
 
 
351 aa  55.1  1e-06  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  26.98 
 
 
388 aa  55.1  1e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.77 
 
 
348 aa  54.3  2e-06  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  27.18 
 
 
348 aa  52  1e-05  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  28.26 
 
 
306 aa  51.6  2e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  28.3 
 
 
283 aa  51.6  2e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  28.26 
 
 
282 aa  50.4  3e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  5.55779e-07 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  27.17 
 
 
284 aa  50.4  3e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  27.8 
 
 
318 aa  49.3  7e-05  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2584  squalene/phytoene synthase  23.71 
 
 
287 aa  48.9  9e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2638  squalene/phytoene synthase  23.71 
 
 
287 aa  48.9  9e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.444406  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  28.35 
 
 
303 aa  48.5  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  5.16194e-05 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  25.96 
 
 
321 aa  48.1  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  37.5 
 
 
303 aa  47.4  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  37.68 
 
 
289 aa  48.1  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  25.58 
 
 
298 aa  48.1  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  22.02 
 
 
316 aa  47.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  27.87 
 
 
290 aa  47  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  26.11 
 
 
310 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  24.63 
 
 
310 aa  47  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  26.87 
 
 
351 aa  47  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  23.74 
 
 
311 aa  47  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  28.06 
 
 
335 aa  46.6  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  26.09 
 
 
283 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  25 
 
 
279 aa  45.8  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  28.19 
 
 
282 aa  45.8  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  23.65 
 
 
309 aa  45.8  0.0009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  28.21 
 
 
351 aa  45.4  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  26.09 
 
 
283 aa  45.4  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  26.09 
 
 
283 aa  45.4  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  27.17 
 
 
275 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1047  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  36.62 
 
 
292 aa  44.7  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.477192  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  27.17 
 
 
282 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  27.17 
 
 
282 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  27.17 
 
 
282 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  25.23 
 
 
294 aa  44.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  27.17 
 
 
282 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  27.57 
 
 
282 aa  44.3  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  27.17 
 
 
282 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  25.65 
 
 
350 aa  43.9  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  26.15 
 
 
309 aa  43.9  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  26.37 
 
 
310 aa  43.9  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  24.14 
 
 
310 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0064  phytoene/squalene synthetase  35.21 
 
 
236 aa  43.5  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  24.14 
 
 
311 aa  43.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  24.14 
 
 
310 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  27.57 
 
 
282 aa  43.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  25.12 
 
 
324 aa  42.7  0.006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  34.78 
 
 
310 aa  43.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  25.38 
 
 
313 aa  42.7  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  27.14 
 
 
302 aa  42.7  0.007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  23.08 
 
 
346 aa  42.7  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  26.6 
 
 
279 aa  42.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  24.23 
 
 
364 aa  42.4  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  27.55 
 
 
288 aa  42.4  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  26.54 
 
 
279 aa  42.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  26.67 
 
 
313 aa  42.4  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>