More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_2234 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
258 aa  504  9.999999999999999e-143  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  75.97 
 
 
257 aa  366  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  48.85 
 
 
256 aa  221  9e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  50.76 
 
 
257 aa  221  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  50.38 
 
 
252 aa  202  4e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  48.66 
 
 
248 aa  201  8e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  46.15 
 
 
246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  46.04 
 
 
257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  47.33 
 
 
253 aa  181  1e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  46.15 
 
 
245 aa  179  4.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  42.86 
 
 
244 aa  172  5e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  43.23 
 
 
262 aa  171  7.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.62 
 
 
253 aa  169  5e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.91 
 
 
244 aa  169  6e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  40.15 
 
 
259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.09 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.38 
 
 
244 aa  161  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.4 
 
 
265 aa  159  5e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  42.31 
 
 
243 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  41.39 
 
 
252 aa  157  2e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.53 
 
 
247 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  43.1 
 
 
255 aa  155  7e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  40 
 
 
265 aa  154  1e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  40.77 
 
 
244 aa  152  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  39.16 
 
 
249 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.73 
 
 
230 aa  140  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.25 
 
 
242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  40.17 
 
 
250 aa  137  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.52 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.16 
 
 
243 aa  133  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.34 
 
 
251 aa  132  6e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.3 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.3 
 
 
248 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.3 
 
 
248 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.3 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.91 
 
 
247 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  34.47 
 
 
246 aa  115  8.999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  31.84 
 
 
245 aa  113  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.49 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.93 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.6 
 
 
257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.33 
 
 
244 aa  108  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  32.69 
 
 
249 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  29.31 
 
 
251 aa  107  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  34.47 
 
 
291 aa  106  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  35.45 
 
 
249 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.46 
 
 
249 aa  105  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.18 
 
 
263 aa  104  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  29.88 
 
 
248 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
244 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.37 
 
 
239 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.16 
 
 
239 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.1 
 
 
246 aa  102  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  31.64 
 
 
244 aa  102  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.78 
 
 
244 aa  102  8e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  33.96 
 
 
249 aa  101  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.87 
 
 
260 aa  101  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.92 
 
 
242 aa  101  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.98 
 
 
250 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.38 
 
 
250 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.6 
 
 
243 aa  100  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.92 
 
 
244 aa  99.4  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.47 
 
 
241 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.03 
 
 
248 aa  98.6  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.68 
 
 
244 aa  98.2  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
245 aa  98.2  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  33.6 
 
 
249 aa  97.8  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  31.53 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.87 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.47 
 
 
239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  27.78 
 
 
245 aa  96.7  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.38 
 
 
246 aa  96.7  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.63 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.03 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
243 aa  95.9  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.45 
 
 
245 aa  95.9  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  28.81 
 
 
246 aa  96.3  5e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.03 
 
 
239 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.79 
 
 
246 aa  95.9  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.58 
 
 
255 aa  95.5  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.42 
 
 
249 aa  95.1  9e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.8 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
245 aa  95.1  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.03 
 
 
239 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.91 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.78 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.52 
 
 
255 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.28 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0226  hypothetical protein  28.91 
 
 
253 aa  93.2  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.11 
 
 
249 aa  93.6  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0248  protein of unknown function DUF558  29.1 
 
 
253 aa  93.2  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.28 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  30.86 
 
 
248 aa  92.8  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.12 
 
 
238 aa  92.4  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>