91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4579 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4579  SMC domain protein  100 
 
 		 1179 aa  2328    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1149  SMC domain protein  28.29 
 
 		 1163 aa  267  7e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.166006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1459  SMC domain protein  26.82 
 
 		 1171 aa  252  3e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1092  hypothetical protein  25.22 
 
 		 1210 aa  234  7.000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.69355  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7590  hypothetical protein  26.71 
 
 		 1153 aa  178  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556339  normal  0.8544 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1663  hypothetical protein  44.32 
 
 		 1201 aa  168  5.9999999999999996e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.155855  normal  0.337314 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0162  hypothetical protein  25.1 
 
 		 1181 aa  156  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512119  normal  0.189121 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1053  SMC domain protein  27.35 
 
 		 1167 aa  144  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2341  hypothetical protein  27.25 
 
 		 1186 aa  132  5.0000000000000004e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.98533  hitchhiker  0.0033945 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5507  hypothetical protein  40.41 
 
 		 1160 aa  128  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00070285  hitchhiker  0.00245225 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5978  hypothetical protein  32.66 
 
 		 1156 aa  127  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.466468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0999  hypothetical protein  31.61 
 
 		 1167 aa  126  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.497545  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5733  hypothetical protein  33.81 
 
 		 1156 aa  125  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0311006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0444  hypothetical protein  33.97 
 
 		 1149 aa  124  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0049  hypothetical protein  46.92 
 
 		 1155 aa  120  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6633  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1156 aa  120  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0515539  normal  0.197368 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6698  hypothetical protein  32.84 
 
 		 1156 aa  119  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000566514  normal  0.196198 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5338  hypothetical protein  33.21 
 
 		 1156 aa  119  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.498426  decreased coverage  0.0063225 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5856  hypothetical protein  32.96 
 
 		 1156 aa  118  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0304556  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6222  hypothetical protein  32.96 
 
 		 1156 aa  118  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266733  normal  0.0150279 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3016  hypothetical protein  31.13 
 
 		 1185 aa  114  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0872848  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2830  hypothetical protein  26.29 
 
 		 1152 aa  113  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1270  hypothetical protein  37.27 
 
 		 1181 aa  112  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0879  hypothetical protein  32.11 
 
 		 1153 aa  111  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3540  hypothetical protein  36.02 
 
 		 1153 aa  111  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.678932 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4821  hypothetical protein  38.12 
 
 		 188 aa  106  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2264  hypothetical protein  31.17 
 
 		 1157 aa  105  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3954  hypothetical protein  31.73 
 
 		 1126 aa  100  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.573007 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1186  hypothetical protein  25.87 
 
 		 1152 aa  98.6  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3215  hypothetical protein  31.3 
 
 		 1126 aa  97.8  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656216  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6380  hypothetical protein  31.86 
 
 		 1157 aa  95.5  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717273  normal  0.28767 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0347  hypothetical protein  34.5 
 
 		 1127 aa  94  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1564  hypothetical protein  38.12 
 
 		 1155 aa  92  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1989  hypothetical protein  36.36 
 
 		 1348 aa  89.7  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.49043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0725  hypothetical protein  42.57 
 
 		 1158 aa  89.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3494  hypothetical protein  32.16 
 
 		 1144 aa  89  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.364107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1746  hypothetical protein  33.11 
 
 		 1065 aa  84.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2437  hypothetical protein  36.31 
 
 		 1277 aa  81.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.250503  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1246  hypothetical protein  28.26 
 
 		 1354 aa  80.1  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1449  DNA repair ATPase  27.91 
 
 		 812 aa  78.2  0.0000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.0000531143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06380  hypothetical protein  26.49 
 
 		 968 aa  77.8  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3624  hypothetical protein  33.09 
 
 		 1351 aa  77.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2892  hypothetical protein  35.06 
 
 		 1467 aa  77  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1259  hypothetical protein  24.4 
 
 		 1280 aa  76.6  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0069  hypothetical protein  28 
 
 		 1284 aa  75.9  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.774464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0737  hypothetical protein  28 
 
 		 1282 aa  75.9  0.000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.138664  normal  0.287489 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3628  hypothetical protein  27.57 
 
 		 1151 aa  75.5  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0684828  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3341  hypothetical protein  31.95 
 
 		 1047 aa  73.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27850  hypothetical protein  32.37 
 
 		 729 aa  70.5  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.817554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2311  hypothetical protein  29.05 
 
 		 1414 aa  68.2  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0729  DNA repair ATPase  24.55 
 
 		 787 aa  67.8  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1110  hypothetical protein  24.16 
 
 		 974 aa  67.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0919  hypothetical protein  25.76 
 
 		 974 aa  64.3  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1051  hypothetical protein  25 
 
 		 974 aa  62.8  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.124652  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0946  hypothetical protein  25.4 
 
 		 767 aa  62.8  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0932  hypothetical protein  25 
 
 		 974 aa  62.4  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1011  hypothetical protein  25.4 
 
 		 767 aa  62.8  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1179  hypothetical protein  25 
 
 		 974 aa  62.8  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.016344  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0926  hypothetical protein  25 
 
 		 974 aa  62.4  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4250  hypothetical protein  25 
 
 		 974 aa  61.2  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000724853 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1266  hypothetical protein  23.24 
 
 		 830 aa  58.9  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000181309  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0795  hypothetical protein  22.56 
 
 		 973 aa  58.2  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2415  hypothetical protein  22.07 
 
 		 922 aa  56.6  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2126  hypothetical protein  22.52 
 
 		 922 aa  55.5  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0593099  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2412  SMC protein-like protein  34.57 
 
 		 883 aa  54.3  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00784167  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0821  SMC domain-containing protein  29.94 
 
 		 917 aa  54.3  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0839342 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0028  hypothetical protein  29.56 
 
 		 768 aa  53.5  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0480  hypothetical protein  29.55 
 
 		 1194 aa  52.4  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1224  nuclease SbcCD, C subunit, putative  32.12 
 
 		 723 aa  52.4  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000926455 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3042  putative GTP-binding protein  39.71 
 
 		 880 aa  52  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0903  DNA repair ATPase  23.94 
 
 		 821 aa  52  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.322396  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2572  hypothetical protein  40.62 
 
 		 870 aa  51.6  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.257377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3237  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1158 aa  50.8  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1085  hypothetical protein  22.61 
 
 		 877 aa  50.4  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0002900000000001e-55 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1061  hypothetical protein  31.4 
 
 		 712 aa  50.4  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00298037  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0103  hypothetical protein  30 
 
 		 711 aa  49.7  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1379  hypothetical protein  16.22 
 
 		 979 aa  48.9  0.0006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0280603  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1098  SMC domain-containing protein  25.41 
 
 		 917 aa  48.9  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.920672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1226  GTP-binding protein  30.08 
 
 		 875 aa  48.5  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5217  putative GTP-binding protein  30.19 
 
 		 878 aa  48.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81586  normal  0.196826 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3664  dsDNA exonuclease SbcC  33.62 
 
 		 1017 aa  47  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1896  hypothetical protein  20.59 
 
 		 978 aa  46.6  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.428817  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1930  hypothetical protein  20.59 
 
 		 978 aa  46.6  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  26.92 
 
 		 1018 aa  46.2  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0398  putative GTP-binding protein  28.52 
 
 		 878 aa  45.8  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.126462  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  26.92 
 
 		 1018 aa  45.8  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0032  hypothetical protein  21.88 
 
 		 664 aa  45.4  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1874  SMC domain protein  32.18 
 
 		 1021 aa  45.4  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5376  SMC domain protein  30.95 
 
 		 874 aa  45.1  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.558222  normal  0.369083 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4360  putative ATP-dependent dsDNA exonuclease  34.67 
 
 		 986 aa  45.1  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.288982  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  31.17 
 
 		 359 aa  45.1  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>