84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0879 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0879  hypothetical protein  100 
 
 		 1153 aa  2260    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6380  hypothetical protein  37.62 
 
 		 1157 aa  625  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717273  normal  0.28767 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2341  hypothetical protein  27.49 
 
 		 1186 aa  274  8.000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.98533  hitchhiker  0.0033945 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3954  hypothetical protein  38.46 
 
 		 1126 aa  233  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.573007 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5978  hypothetical protein  26.9 
 
 		 1156 aa  229  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.466468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3215  hypothetical protein  39.08 
 
 		 1126 aa  225  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656216  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1459  SMC domain protein  25.19 
 
 		 1171 aa  222  3.9999999999999997e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0347  hypothetical protein  41.61 
 
 		 1127 aa  209  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3540  hypothetical protein  24.04 
 
 		 1153 aa  208  5e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.678932 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5507  hypothetical protein  26.48 
 
 		 1160 aa  208  5e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00070285  hitchhiker  0.00245225 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3494  hypothetical protein  36.25 
 
 		 1144 aa  194  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.364107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1053  SMC domain protein  25.67 
 
 		 1167 aa  191  5e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1092  hypothetical protein  26.09 
 
 		 1210 aa  189  2e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.69355  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1149  SMC domain protein  25 
 
 		 1163 aa  175  5e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.166006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1564  hypothetical protein  35.32 
 
 		 1155 aa  154  8.999999999999999e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7590  hypothetical protein  27.35 
 
 		 1153 aa  145  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556339  normal  0.8544 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1186  hypothetical protein  27.46 
 
 		 1152 aa  139  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0049  hypothetical protein  40 
 
 		 1155 aa  135  5e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2830  hypothetical protein  31.25 
 
 		 1152 aa  134  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3628  hypothetical protein  27.89 
 
 		 1151 aa  132  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0684828  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0999  hypothetical protein  30.94 
 
 		 1167 aa  125  5e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.497545  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4579  SMC domain protein  32.11 
 
 		 1179 aa  111  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5733  hypothetical protein  28.73 
 
 		 1156 aa  101  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0311006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5338  hypothetical protein  28.41 
 
 		 1156 aa  100  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.498426  decreased coverage  0.0063225 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6633  hypothetical protein  27.24 
 
 		 1156 aa  98.6  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0515539  normal  0.197368 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6698  hypothetical protein  27.24 
 
 		 1156 aa  98.2  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000566514  normal  0.196198 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0444  hypothetical protein  35.29 
 
 		 1149 aa  98.2  9e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6222  hypothetical protein  27.24 
 
 		 1156 aa  96.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266733  normal  0.0150279 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5856  hypothetical protein  27.24 
 
 		 1156 aa  96.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0304556  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2264  hypothetical protein  36.17 
 
 		 1157 aa  90.9  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2437  hypothetical protein  32.04 
 
 		 1277 aa  89.4  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.250503  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3016  hypothetical protein  28.25 
 
 		 1185 aa  86.7  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0872848  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1746  hypothetical protein  26.25 
 
 		 1065 aa  86.7  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1270  hypothetical protein  33.54 
 
 		 1181 aa  84.7  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0162  hypothetical protein  33.96 
 
 		 1181 aa  84  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512119  normal  0.189121 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1989  hypothetical protein  33.51 
 
 		 1348 aa  80.9  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.49043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0725  hypothetical protein  40.31 
 
 		 1158 aa  79.7  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3341  hypothetical protein  25.97 
 
 		 1047 aa  76.6  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3624  hypothetical protein  30.35 
 
 		 1351 aa  75.1  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1259  hypothetical protein  25.81 
 
 		 1280 aa  75.1  0.000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06380  hypothetical protein  30.99 
 
 		 968 aa  71.6  0.00000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1246  hypothetical protein  29.52 
 
 		 1354 aa  70.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0069  hypothetical protein  25.64 
 
 		 1284 aa  70.5  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.774464  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0919  hypothetical protein  34.92 
 
 		 974 aa  70.1  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1051  hypothetical protein  34.92 
 
 		 974 aa  70.5  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.124652  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1110  hypothetical protein  34.92 
 
 		 974 aa  70.1  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0926  hypothetical protein  34.92 
 
 		 974 aa  69.7  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1179  hypothetical protein  34.92 
 
 		 974 aa  70.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.016344  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0932  hypothetical protein  34.92 
 
 		 974 aa  69.7  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1663  hypothetical protein  35.86 
 
 		 1201 aa  69.7  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.155855  normal  0.337314 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1266  hypothetical protein  25.66 
 
 		 830 aa  69.3  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000181309  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0946  hypothetical protein  34.4 
 
 		 767 aa  68.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1011  hypothetical protein  34.4 
 
 		 767 aa  68.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4250  hypothetical protein  34.13 
 
 		 974 aa  68.2  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000724853 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0737  hypothetical protein  29.47 
 
 		 1282 aa  67  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.138664  normal  0.287489 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27850  hypothetical protein  31.47 
 
 		 729 aa  65.9  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.817554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4821  hypothetical protein  30.99 
 
 		 188 aa  65.9  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0795  hypothetical protein  32.28 
 
 		 973 aa  65.1  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1449  DNA repair ATPase  24.79 
 
 		 812 aa  63.2  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.0000531143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0032  hypothetical protein  23.53 
 
 		 664 aa  60.8  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1085  hypothetical protein  24.38 
 
 		 877 aa  60.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0002900000000001e-55 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2311  hypothetical protein  27.72 
 
 		 1414 aa  59.3  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0729  DNA repair ATPase  24.19 
 
 		 787 aa  57.8  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0028  hypothetical protein  26.56 
 
 		 768 aa  55.8  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2892  hypothetical protein  30.07 
 
 		 1467 aa  53.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0903  DNA repair ATPase  25.33 
 
 		 821 aa  53.1  0.00003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.322396  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0480  hypothetical protein  32.79 
 
 		 1194 aa  52.4  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2415  hypothetical protein  23.35 
 
 		 922 aa  51.6  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1930  hypothetical protein  30.22 
 
 		 978 aa  50.8  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1086  hypothetical protein  45.21 
 
 		 94 aa  51.2  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.88944e-60 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1896  hypothetical protein  30.22 
 
 		 978 aa  50.8  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.428817  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3237  hypothetical protein  28.22 
 
 		 1158 aa  50.4  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1098  SMC domain-containing protein  26.67 
 
 		 917 aa  50.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.920672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2412  SMC protein-like protein  29.09 
 
 		 883 aa  50.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00784167  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1009  hypothetical protein  24.48 
 
 		 199 aa  50.1  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0944  hypothetical protein  24.48 
 
 		 199 aa  50.1  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2126  hypothetical protein  23.74 
 
 		 922 aa  48.9  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0593099  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1379  hypothetical protein  21.46 
 
 		 979 aa  48.1  0.0009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0280603  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1711  hypothetical protein  39.02 
 
 		 1180 aa  48.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1061  hypothetical protein  36.67 
 
 		 712 aa  47.4  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00298037  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0827  hypothetical protein  29.84 
 
 		 1137 aa  47  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2256  hypothetical protein  33.59 
 
 		 883 aa  47.4  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0103  hypothetical protein  26.94 
 
 		 711 aa  45.1  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4435  hypothetical protein  32.81 
 
 		 885 aa  45.1  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.149901  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>