96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3016 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3016  hypothetical protein  100 
 
 
1185 aa  2369    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0872848  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1149  SMC domain protein  27.5 
 
 
1163 aa  325  4e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.166006  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1459  SMC domain protein  26.96 
 
 
1171 aa  282  3e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2341  hypothetical protein  26.23 
 
 
1186 aa  266  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.98533  hitchhiker  0.0033945 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1053  SMC domain protein  26.02 
 
 
1167 aa  259  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1092  hypothetical protein  25.06 
 
 
1210 aa  255  3e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.69355  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7590  hypothetical protein  25.52 
 
 
1153 aa  220  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556339  normal  0.8544 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0444  hypothetical protein  38.62 
 
 
1149 aa  160  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0999  hypothetical protein  31.16 
 
 
1167 aa  145  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.497545  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5507  hypothetical protein  33.57 
 
 
1160 aa  135  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00070285  hitchhiker  0.00245225 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0162  hypothetical protein  25.18 
 
 
1181 aa  131  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512119  normal  0.189121 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5978  hypothetical protein  35.24 
 
 
1156 aa  129  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.466468  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0049  hypothetical protein  33.47 
 
 
1155 aa  129  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6222  hypothetical protein  33.2 
 
 
1156 aa  129  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266733  normal  0.0150279 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5856  hypothetical protein  33.2 
 
 
1156 aa  129  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0304556  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5338  hypothetical protein  34.8 
 
 
1156 aa  129  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.498426  decreased coverage  0.0063225 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6698  hypothetical protein  32.81 
 
 
1156 aa  127  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000566514  normal  0.196198 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5733  hypothetical protein  34.8 
 
 
1156 aa  127  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0311006  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0069  hypothetical protein  24.58 
 
 
1284 aa  119  3.9999999999999997e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.774464  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1663  hypothetical protein  31.2 
 
 
1201 aa  117  8.999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.155855  normal  0.337314 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2264  hypothetical protein  41.61 
 
 
1157 aa  115  7.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3540  hypothetical protein  32.29 
 
 
1153 aa  114  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.678932 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4821  hypothetical protein  44.22 
 
 
188 aa  114  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1564  hypothetical protein  42.18 
 
 
1155 aa  114  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4579  SMC domain protein  31.13 
 
 
1179 aa  113  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0725  hypothetical protein  34.4 
 
 
1158 aa  113  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1746  hypothetical protein  25.05 
 
 
1065 aa  112  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3215  hypothetical protein  28.5 
 
 
1126 aa  109  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656216  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3954  hypothetical protein  33.18 
 
 
1126 aa  108  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.573007 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1270  hypothetical protein  29.3 
 
 
1181 aa  106  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1989  hypothetical protein  40 
 
 
1348 aa  107  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.49043 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0347  hypothetical protein  36.36 
 
 
1127 aa  100  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3494  hypothetical protein  31.16 
 
 
1144 aa  98.6  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.364107  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6380  hypothetical protein  28.88 
 
 
1157 aa  97.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717273  normal  0.28767 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2437  hypothetical protein  36.9 
 
 
1277 aa  96.7  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.250503  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1259  hypothetical protein  35.68 
 
 
1280 aa  95.9  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3624  hypothetical protein  32.51 
 
 
1351 aa  90.1  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3628  hypothetical protein  26.48 
 
 
1151 aa  89.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0684828  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1449  DNA repair ATPase  27.54 
 
 
812 aa  89  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.0000531143  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0737  hypothetical protein  23.66 
 
 
1282 aa  87.8  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.138664  normal  0.287489 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0879  hypothetical protein  28.25 
 
 
1153 aa  87  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1186  hypothetical protein  25.56 
 
 
1152 aa  86.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6633  hypothetical protein  30.47 
 
 
1156 aa  85.9  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0515539  normal  0.197368 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1246  hypothetical protein  25.82 
 
 
1354 aa  82  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1379  hypothetical protein  26.29 
 
 
979 aa  80.1  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0280603  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1110  hypothetical protein  27.14 
 
 
974 aa  79.7  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2830  hypothetical protein  40 
 
 
1152 aa  74.7  0.000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1051  hypothetical protein  32.79 
 
 
974 aa  74.7  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.124652  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0919  hypothetical protein  27.14 
 
 
974 aa  73.6  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0932  hypothetical protein  31.97 
 
 
974 aa  73.6  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1179  hypothetical protein  27.14 
 
 
974 aa  73.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.016344  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0926  hypothetical protein  31.97 
 
 
974 aa  73.2  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4250  hypothetical protein  27.14 
 
 
974 aa  72.8  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000724853 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27850  hypothetical protein  29.51 
 
 
729 aa  72.8  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.817554  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1011  hypothetical protein  31.15 
 
 
767 aa  72.4  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0946  hypothetical protein  31.15 
 
 
767 aa  72.4  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0795  hypothetical protein  26.04 
 
 
973 aa  72  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0729  DNA repair ATPase  26.07 
 
 
787 aa  70.5  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2892  hypothetical protein  28.92 
 
 
1467 aa  69.7  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1036  hypothetical protein  32.28 
 
 
890 aa  69.7  0.0000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0074125  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2311  hypothetical protein  28.89 
 
 
1414 aa  67.4  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1930  hypothetical protein  26.26 
 
 
978 aa  68.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1896  hypothetical protein  26.26 
 
 
978 aa  68.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.428817  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06380  hypothetical protein  29.22 
 
 
968 aa  67  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0103  hypothetical protein  30.66 
 
 
711 aa  67  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0032  hypothetical protein  39.47 
 
 
664 aa  66.2  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1266  hypothetical protein  23.24 
 
 
830 aa  66.2  0.000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000181309  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2415  hypothetical protein  31.86 
 
 
922 aa  65.5  0.000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2126  hypothetical protein  31.86 
 
 
922 aa  63.5  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0593099  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3341  hypothetical protein  32.8 
 
 
1047 aa  61.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0028  hypothetical protein  33.55 
 
 
768 aa  59.3  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2412  SMC protein-like protein  37.8 
 
 
883 aa  57.8  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00784167  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1085  hypothetical protein  25.24 
 
 
877 aa  56.2  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0002900000000001e-55 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1086  hypothetical protein  38.57 
 
 
94 aa  56.6  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.88944e-60 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1098  SMC domain-containing protein  27.87 
 
 
917 aa  55.5  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.920672  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0903  DNA repair ATPase  33.73 
 
 
821 aa  55.1  0.000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.322396  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1224  nuclease SbcCD, C subunit, putative  31.21 
 
 
723 aa  53.5  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000926455 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0421  hypothetical protein  21.59 
 
 
719 aa  52.8  0.00004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0142267  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3237  hypothetical protein  27.92 
 
 
1158 aa  52.8  0.00004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0897  hypothetical protein  28.57 
 
 
798 aa  51.6  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.558915 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0827  hypothetical protein  32.69 
 
 
1137 aa  51.6  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0777  hypothetical protein  34.48 
 
 
617 aa  51.6  0.00009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0481  hypothetical protein  30.2 
 
 
818 aa  51.2  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3042  putative GTP-binding protein  40.3 
 
 
880 aa  50.1  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4996  hypothetical protein  39.47 
 
 
881 aa  50.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.96047  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1725  nuclease SbcCD, C subunit, putative  32.32 
 
 
813 aa  49.3  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.536729  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2572  hypothetical protein  37.36 
 
 
870 aa  49.3  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.257377  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3142  DNA repair ATPase-like protein  38.46 
 
 
875 aa  48.5  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.49947  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1874  SMC domain protein  29.03 
 
 
1021 aa  48.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0907  hypothetical protein  33 
 
 
873 aa  47.8  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00680218  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2302  SMC domain-containing protein  32.89 
 
 
880 aa  47  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0512218 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1711  hypothetical protein  31.9 
 
 
1180 aa  47  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1256  hypothetical protein  32.33 
 
 
1153 aa  47  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.537962  normal  0.251467 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1788  DNA repair ATPase-like protein  31.86 
 
 
901 aa  47  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.284461  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5391  SMC domain protein  38.81 
 
 
875 aa  46.6  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.60819  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0480  hypothetical protein  30.16 
 
 
1194 aa  45.1  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>