84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3628 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2830  hypothetical protein  58.68 
 
 		 1152 aa  1133    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1186  hypothetical protein  61.09 
 
 		 1152 aa  1126    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3628  hypothetical protein  100 
 
 		 1151 aa  2217    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0684828  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0162  hypothetical protein  31.92 
 
 		 1181 aa  384  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512119  normal  0.189121 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1149  SMC domain protein  29.07 
 
 		 1163 aa  318  4e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.166006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2341  hypothetical protein  27.74 
 
 		 1186 aa  295  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.98533  hitchhiker  0.0033945 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1053  SMC domain protein  30.64 
 
 		 1167 aa  283  1e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0049  hypothetical protein  30.22 
 
 		 1155 aa  280  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1092  hypothetical protein  26.88 
 
 		 1210 aa  263  2e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.69355  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1459  SMC domain protein  26.4 
 
 		 1171 aa  249  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0725  hypothetical protein  35.88 
 
 		 1158 aa  204  9e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1270  hypothetical protein  37.94 
 
 		 1181 aa  182  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3540  hypothetical protein  31.6 
 
 		 1153 aa  152  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.678932 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0347  hypothetical protein  36.24 
 
 		 1127 aa  147  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6380  hypothetical protein  29.69 
 
 		 1157 aa  146  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717273  normal  0.28767 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1564  hypothetical protein  35.97 
 
 		 1155 aa  145  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7590  hypothetical protein  31.74 
 
 		 1153 aa  142  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556339  normal  0.8544 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3215  hypothetical protein  44.44 
 
 		 1126 aa  141  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656216  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3954  hypothetical protein  44.44 
 
 		 1126 aa  140  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.573007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2264  hypothetical protein  32.39 
 
 		 1157 aa  139  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0879  hypothetical protein  28.65 
 
 		 1153 aa  135  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1663  hypothetical protein  39.78 
 
 		 1201 aa  134  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.155855  normal  0.337314 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0444  hypothetical protein  29.56 
 
 		 1149 aa  134  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5338  hypothetical protein  33.82 
 
 		 1156 aa  126  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.498426  decreased coverage  0.0063225 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3494  hypothetical protein  29.11 
 
 		 1144 aa  126  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.364107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6698  hypothetical protein  33.69 
 
 		 1156 aa  125  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000566514  normal  0.196198 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6222  hypothetical protein  33.69 
 
 		 1156 aa  125  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266733  normal  0.0150279 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5856  hypothetical protein  33.69 
 
 		 1156 aa  125  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0304556  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5978  hypothetical protein  32.73 
 
 		 1156 aa  123  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.466468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6633  hypothetical protein  35.39 
 
 		 1156 aa  120  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0515539  normal  0.197368 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5733  hypothetical protein  42.13 
 
 		 1156 aa  117  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0311006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5507  hypothetical protein  32.21 
 
 		 1160 aa  115  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00070285  hitchhiker  0.00245225 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0999  hypothetical protein  41.28 
 
 		 1167 aa  110  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.497545  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3016  hypothetical protein  42.25 
 
 		 1185 aa  100  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0872848  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4821  hypothetical protein  36.7 
 
 		 188 aa  97.4  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2437  hypothetical protein  37.04 
 
 		 1277 aa  76.6  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.250503  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27850  hypothetical protein  36.6 
 
 		 729 aa  77.4  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.817554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4579  SMC domain protein  26.43 
 
 		 1179 aa  77  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0032  hypothetical protein  41.25 
 
 		 664 aa  67  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3341  hypothetical protein  31.71 
 
 		 1047 aa  66.2  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3624  hypothetical protein  30.62 
 
 		 1351 aa  65.5  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1746  hypothetical protein  27.07 
 
 		 1065 aa  63.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0737  hypothetical protein  26.25 
 
 		 1282 aa  62.4  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.138664  normal  0.287489 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1246  hypothetical protein  28.8 
 
 		 1354 aa  61.6  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1896  hypothetical protein  28.99 
 
 		 978 aa  61.6  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.428817  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1930  hypothetical protein  28.99 
 
 		 978 aa  61.6  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1449  DNA repair ATPase  31.97 
 
 		 812 aa  61.2  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.0000531143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2892  hypothetical protein  31.01 
 
 		 1467 aa  61.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0103  hypothetical protein  40.22 
 
 		 711 aa  60.1  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1259  hypothetical protein  23.04 
 
 		 1280 aa  60.5  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1011  hypothetical protein  30.08 
 
 		 767 aa  60.1  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0069  hypothetical protein  23.28 
 
 		 1284 aa  60.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.774464  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0946  hypothetical protein  30.08 
 
 		 767 aa  60.1  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2412  SMC protein-like protein  29.94 
 
 		 883 aa  60.5  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00784167  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1110  hypothetical protein  25.45 
 
 		 974 aa  60.1  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1266  hypothetical protein  24.02 
 
 		 830 aa  59.7  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000181309  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06380  hypothetical protein  26.52 
 
 		 968 aa  58.5  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1051  hypothetical protein  28.32 
 
 		 974 aa  58.2  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.124652  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0926  hypothetical protein  28.32 
 
 		 974 aa  58.2  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0932  hypothetical protein  29.82 
 
 		 974 aa  57.8  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0919  hypothetical protein  29.82 
 
 		 974 aa  57.8  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4250  hypothetical protein  29.2 
 
 		 974 aa  57.4  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000724853 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2311  hypothetical protein  32.81 
 
 		 1414 aa  57.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1179  hypothetical protein  29.82 
 
 		 974 aa  57.8  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.016344  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0795  hypothetical protein  36.59 
 
 		 973 aa  55.5  0.000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1226  GTP-binding protein  33.99 
 
 		 875 aa  53.9  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1379  hypothetical protein  27.27 
 
 		 979 aa  53.5  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0280603  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2415  hypothetical protein  28.07 
 
 		 922 aa  53.9  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2126  hypothetical protein  28.21 
 
 		 922 aa  52  0.00006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0593099  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0028  hypothetical protein  35.29 
 
 		 768 aa  52  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1224  nuclease SbcCD, C subunit, putative  39.13 
 
 		 723 aa  51.6  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000926455 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0729  DNA repair ATPase  29.91 
 
 		 787 aa  51.2  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0897  hypothetical protein  29.29 
 
 		 798 aa  50.4  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.558915 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1098  SMC domain-containing protein  30.84 
 
 		 917 aa  50.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.920672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1086  hypothetical protein  40.3 
 
 		 94 aa  49.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.88944e-60 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1085  hypothetical protein  21.43 
 
 		 877 aa  48.5  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0002900000000001e-55 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23970  hypothetical protein  40.51 
 
 		 874 aa  47.8  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0903  DNA repair ATPase  26.42 
 
 		 821 aa  47.4  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.322396  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0827  hypothetical protein  31.94 
 
 		 1137 aa  47.4  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3042  putative GTP-binding protein  35.71 
 
 		 880 aa  47.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2343  SMC domain protein  32.26 
 
 		 912 aa  46.2  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0481  hypothetical protein  31.65 
 
 		 818 aa  46.2  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0777  hypothetical protein  38 
 
 		 617 aa  45.4  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3281  SMC domain-containing protein  39.08 
 
 		 1047 aa  45.4  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>