108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3066 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2859  formylmethanofurane dehydrogenase, A subunit, putative  63.38 
 
 		 555 aa  711    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482874  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0024  DNA/RNA non-specific endonuclease  57.61 
 
 		 556 aa  654    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1663  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  59.6 
 
 		 558 aa  679    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0362929  normal  0.346748 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2462  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  70.94 
 
 		 566 aa  820    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.193668 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2624  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  80.57 
 
 		 561 aa  948    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.117622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3135  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  77.46 
 
 		 561 aa  904    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5934  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  72.56 
 
 		 562 aa  833    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.765653  normal  0.0594888 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6505  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  69.57 
 
 		 566 aa  798    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.148601  normal  0.0276597 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3066  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  100 
 
 		 561 aa  1159    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1795  amidohydrolase 3  55.12 
 
 		 549 aa  598  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00999447  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2319  formylmethanofurane dehydrogenase, subunit, putative  47.01 
 
 		 572 aa  505  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.281312  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2401  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  46.6 
 
 		 542 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5775  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  44.51 
 
 		 543 aa  442  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179855  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1687  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  41.76 
 
 		 552 aa  429  1e-119  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0525  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  43.28 
 
 		 548 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1826  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  43.39 
 
 		 548 aa  421  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.885029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1777  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  43.58 
 
 		 548 aa  420  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.227375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2161  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  43.2 
 
 		 548 aa  420  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194626  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5999  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  42.28 
 
 		 543 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.074465  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1097  amidohydrolase 3  39.2 
 
 		 566 aa  387  1e-106  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1443  amidohydrolase 3  35.46 
 
 		 582 aa  363  3e-99  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.252368  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0343  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  37.94 
 
 		 567 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.44984  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1530  amidohydrolase 3  35.51 
 
 		 583 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000517509 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0382  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  35.51 
 
 		 583 aa  356  6.999999999999999e-97  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2109  amidohydrolase 3  37.25 
 
 		 565 aa  355  1e-96  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0245  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  38.34 
 
 		 570 aa  355  2e-96  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.571542  normal  0.357982 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1982  amidohydrolase 3  38.36 
 
 		 566 aa  353  4e-96  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.24205 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0083  amidohydrolase 3  35.12 
 
 		 597 aa  353  4e-96  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1289  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  34.68 
 
 		 584 aa  352  1e-95  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1662  amidohydrolase 3  35.61 
 
 		 583 aa  352  1e-95  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.197857  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0494  amidohydrolase 3  37.59 
 
 		 567 aa  350  3e-95  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.654333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1425  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  37.41 
 
 		 567 aa  351  3e-95  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.197367  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1451  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  34.6 
 
 		 583 aa  350  4e-95  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1188  amidohydrolase 3  37.59 
 
 		 566 aa  347  3e-94  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0562  amidohydrolase 3  37.75 
 
 		 567 aa  347  3e-94  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0284  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  34.77 
 
 		 584 aa  346  6e-94  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00233084  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2234  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  38.15 
 
 		 570 aa  344  2e-93  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.459579  normal  0.0518322 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1989  amidohydrolase 3  37.69 
 
 		 571 aa  341  2e-92  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314934  normal  0.216249 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0619  amidohydrolase 3  39.33 
 
 		 568 aa  341  2e-92  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.438541  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1472  amidohydrolase 3  37.2 
 
 		 578 aa  339  9e-92  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.883375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0876  amidohydrolase 3  37.5 
 
 		 568 aa  336  7e-91  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.518844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0574  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  36.4 
 
 		 566 aa  333  7.000000000000001e-90  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.509676  decreased coverage  0.000667669 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0371  amidohydrolase 3  35.93 
 
 		 570 aa  331  2e-89  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0202  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  37.6 
 
 		 569 aa  330  4e-89  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.58786  normal  0.082487 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5828  dihydroorotase  48.39 
 
 		 427 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000105478 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1770  dihydroorotase  48.39 
 
 		 422 aa  55.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0135221  normal  0.0984077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5700  dihydroorotase  48.39 
 
 		 424 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.187758  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7944  amidohydrolase  45.45 
 
 		 479 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2311  dihydroorotase, multifunctional complex type  48.39 
 
 		 425 aa  54.3  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1272  dihydroorotase, multifunctional complex type  46.77 
 
 		 425 aa  52.8  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0255922  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1857  dihydroorotase, multifunctional complex type  43.55 
 
 		 425 aa  52.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2192  dihydroorotase, multifunctional complex type  45.59 
 
 		 433 aa  51.6  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.402118 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0916  dihydroorotase  46.15 
 
 		 395 aa  52  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1897  dihydroorotase, multifunctional complex type  46.77 
 
 		 424 aa  52  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1160  dihydroorotase  37.7 
 
 		 423 aa  51.6  0.00004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.94631  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3350  dihydroorotase  35.96 
 
 		 431 aa  51.6  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000731035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2583  dihydroorotase  41.67 
 
 		 424 aa  51.2  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.100089 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1614  dihydrooratase  40.68 
 
 		 425 aa  51.2  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.296588  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0880  dihydroorotase  28.42 
 
 		 431 aa  50.8  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3958  putative dihydroorotase-like protein  40 
 
 		 441 aa  50.8  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167929 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3245  dihydroorotase  46.67 
 
 		 534 aa  49.7  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325053  normal  0.0340031 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0102  dihydroorotase  42.42 
 
 		 428 aa  50.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0650  dihydroorotase  43.33 
 
 		 425 aa  50.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3969  amidohydrolase  29.82 
 
 		 427 aa  49.7  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.209336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1479  dihydroorotase  38.33 
 
 		 436 aa  49.3  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0284276  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2528  dihydroorotase, multifunctional complex type  43.75 
 
 		 424 aa  49.7  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2084  dihydroorotase, multifunctional complex type  41.94 
 
 		 425 aa  49.3  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.178294  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1673  dihydroorotase, multifunctional complex type  42.62 
 
 		 430 aa  48.5  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.557372  normal  0.0225661 
 
 
-
 
NC_002936  DET1200  dihydroorotase  40 
 
 		 427 aa  48.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0100135  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1283  dihydroorotase  42.62 
 
 		 431 aa  48.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1635  dihydropyrimidinase  42.65 
 
 		 467 aa  47.8  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2511  dihydroorotase, multifunctional complex type  38.71 
 
 		 429 aa  47.8  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0158286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1304  dihydroorotase, multifunctional complex type  42.62 
 
 		 429 aa  47.8  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00973058  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4371  dihydroorotase  31.58 
 
 		 379 aa  47.8  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3965  amidohydrolase  36.51 
 
 		 414 aa  47.4  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2182  dihydropyrimidinase  45.45 
 
 		 478 aa  47  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.140965 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7586  dihydroorotase  41.67 
 
 		 581 aa  47  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3038  phenylhydantoinase  29.17 
 
 		 484 aa  47  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1146  dihydroorotase  40.32 
 
 		 446 aa  47  0.0009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.522609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2367  phenylhydantoinase  50 
 
 		 484 aa  47  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.040332  normal  0.334928 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2269  dihydroorotase, multifunctional complex type  40.68 
 
 		 425 aa  47  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0467861  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2241  dihydroorotase, multifunctional complex type  39.71 
 
 		 433 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2329  dihydroorotase, multifunctional complex type  39.71 
 
 		 433 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1619  dihydroorotase  39.71 
 
 		 433 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_983  dihydroorotase  38.33 
 
 		 436 aa  46.2  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3344  allantoinase  40.91 
 
 		 431 aa  46.2  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.284752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3293  phenylhydantoinase  45 
 
 		 484 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.349462  normal  0.101645 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6462  dihydroorotase  41.94 
 
 		 412 aa  46.2  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815548  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0679  dihydroorotase  41.94 
 
 		 425 aa  45.1  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2482  dihydroorotase  37.1 
 
 		 424 aa  45.4  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1052  dihydroorotase  39.34 
 
 		 420 aa  45.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0770373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0501  dihydroorotase  38.98 
 
 		 423 aa  45.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0726  dihydroorotase, multifunctional complex type  37.29 
 
 		 432 aa  45.4  0.003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0680932  hitchhiker  0.000000153921 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1010  dihydroorotase  36.67 
 
 		 428 aa  44.7  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4254  dihydroorotase  41.54 
 
 		 395 aa  45.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0515  dihydroorotase, multifunctional complex type  43.94 
 
 		 429 aa  45.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2980  D-aminoacylase domain protein  40.3 
 
 		 528 aa  44.7  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.572399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1381  amidohydrolase  36.67 
 
 		 435 aa  44.7  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.849591  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2013  dihydroorotase  37.31 
 
 		 566 aa  44.3  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2441  dihydroorotase  33.85 
 
 		 417 aa  44.7  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>