53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3135 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2859  formylmethanofurane dehydrogenase, A subunit, putative  58.24 
 
 		 555 aa  677    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482874  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3066  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  77.46 
 
 		 561 aa  904    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0024  DNA/RNA non-specific endonuclease  55.23 
 
 		 556 aa  637    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6505  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  66.37 
 
 		 566 aa  767    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.148601  normal  0.0276597 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5934  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  70.27 
 
 		 562 aa  812    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.765653  normal  0.0594888 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3135  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  100 
 
 		 561 aa  1151    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1663  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  57.22 
 
 		 558 aa  665    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0362929  normal  0.346748 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2462  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  66.78 
 
 		 566 aa  785    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.193668 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2624  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  75.32 
 
 		 561 aa  880    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.117622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1795  amidohydrolase 3  55.36 
 
 		 549 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00999447  normal  0.727979 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2319  formylmethanofurane dehydrogenase, subunit, putative  46.28 
 
 		 572 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.281312  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2401  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  47.22 
 
 		 542 aa  449  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1687  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  41.89 
 
 		 552 aa  437  1e-121  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5775  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  48.13 
 
 		 543 aa  435  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1826  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  43.95 
 
 		 548 aa  424  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.885029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1777  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  43.95 
 
 		 548 aa  423  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.227375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2161  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  43.95 
 
 		 548 aa  424  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194626  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5999  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  47.43 
 
 		 543 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.074465  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0525  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  42.72 
 
 		 548 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1097  amidohydrolase 3  40.22 
 
 		 566 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0245  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  37.79 
 
 		 570 aa  364  2e-99  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.571542  normal  0.357982 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2109  amidohydrolase 3  37.52 
 
 		 565 aa  364  2e-99  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1188  amidohydrolase 3  36.83 
 
 		 566 aa  359  7e-98  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0382  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  34.84 
 
 		 583 aa  358  9.999999999999999e-98  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1662  amidohydrolase 3  33.97 
 
 		 583 aa  358  9.999999999999999e-98  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.197857  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1530  amidohydrolase 3  34.84 
 
 		 583 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000517509 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0619  amidohydrolase 3  38.46 
 
 		 568 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.438541  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0284  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  34.57 
 
 		 584 aa  354  2e-96  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00233084  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1443  amidohydrolase 3  35.5 
 
 		 582 aa  354  2e-96  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.252368  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1451  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  34.15 
 
 		 583 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0562  amidohydrolase 3  37.21 
 
 		 567 aa  353  5.9999999999999994e-96  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1982  amidohydrolase 3  35.3 
 
 		 566 aa  352  8.999999999999999e-96  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.24205 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2234  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  36.2 
 
 		 570 aa  347  3e-94  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.459579  normal  0.0518322 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1989  amidohydrolase 3  36.41 
 
 		 571 aa  346  6e-94  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314934  normal  0.216249 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0494  amidohydrolase 3  35.96 
 
 		 567 aa  346  8e-94  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.654333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0371  amidohydrolase 3  36.57 
 
 		 570 aa  345  1e-93  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1425  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  35.78 
 
 		 567 aa  345  1e-93  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.197367  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0343  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  35.96 
 
 		 567 aa  345  2e-93  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.44984  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0876  amidohydrolase 3  35.62 
 
 		 568 aa  343  4e-93  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.518844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1289  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  35.01 
 
 		 584 aa  343  5e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0083  amidohydrolase 3  34.01 
 
 		 597 aa  339  9e-92  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0574  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A  36.69 
 
 		 566 aa  334  3e-90  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.509676  decreased coverage  0.000667669 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1472  amidohydrolase 3  37.41 
 
 		 578 aa  333  4e-90  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.883375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0202  formylmethanofuran dehydrogenase subunit A  37.52 
 
 		 569 aa  331  2e-89  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.58786  normal  0.082487 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5687  dihydropyrimidinase  37.96 
 
 		 477 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0293921  normal  0.131902 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1479  dihydroorotase  40.35 
 
 		 436 aa  46.2  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0284276  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7944  amidohydrolase  46.55 
 
 		 479 aa  45.4  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1614  dihydrooratase  43.75 
 
 		 425 aa  45.1  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.296588  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0278  phenylhydantoinase  55 
 
 		 489 aa  44.3  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0356  amidohydrolase 3  43.21 
 
 		 577 aa  44.7  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0292  phenylhydantoinase  55 
 
 		 489 aa  44.3  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1381  amidohydrolase  36.36 
 
 		 435 aa  44.3  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.849591  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5828  dihydroorotase  44.26 
 
 		 427 aa  44.3  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000105478 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>