More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0387 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_0387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
283 aa  560  1.0000000000000001e-159  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.28 
 
 
252 aa  372  1e-102  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1496  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
260 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3959  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 
264 aa  115  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0140  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1331  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7064  short chain dehydrogenase  31 
 
 
265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0314  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.265928  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0590  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155951  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0977  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2499  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
265 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1312  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
265 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.445214  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1239  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
265 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.363004  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4098  short chain dehydrogenase  30.57 
 
 
265 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.474708 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3989  short chain dehydrogenase  30.87 
 
 
265 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.826773  normal  0.0182099 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3663  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 
265 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4704  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 
265 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000843868  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5596  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 
265 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329102 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1110  short chain dehydrogenase  30.13 
 
 
265 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0177225  normal  0.229286 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4563  short chain dehydrogenase  30.13 
 
 
265 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00447639  hitchhiker  0.00143466 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0180  short chain dehydrogenase  29.61 
 
 
269 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0958  short chain dehydrogenase  30 
 
 
265 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 
362 aa  96.7  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00359465  normal  0.191358 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
259 aa  96.3  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 
242 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 
253 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908488 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10840  putative dehydrogenase  37.84 
 
 
250 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000391035  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
259 aa  93.2  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3688  short chain dehydrogenase  29.33 
 
 
265 aa  92.8  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.332248  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 
253 aa  92.4  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.47277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
250 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.328906 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0822  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 
262 aa  90.9  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00305292  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3574  short chain dehydrogenase  27.07 
 
 
267 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.11528  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4238  short chain dehydrogenase  30.17 
 
 
268 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
253 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
253 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0205678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
253 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 
288 aa  89.7  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0937136  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12220  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
250 aa  87.4  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
253 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2670  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.87 
 
 
253 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.243755  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0610  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.77 
 
 
286 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0678259 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
266 aa  84  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2742  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 
252 aa  84  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0442377  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 
261 aa  84  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.574158  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0350  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4505  short chain dehydrogenase  29.07 
 
 
269 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.15196  normal  0.998314 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4637  short chain dehydrogenase  29.07 
 
 
269 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0597104  normal  0.0798604 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.7 
 
 
260 aa  82  0.000000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.13 
 
 
257 aa  82  0.000000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 
280 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  32.82 
 
 
268 aa  81.6  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.69 
 
 
253 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.398999  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
262 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  32.76 
 
 
271 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
264 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.43 
 
 
280 aa  79  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.58 
 
 
266 aa  79  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  35.03 
 
 
268 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 
253 aa  78.2  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.435336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.61 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
267 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  30.14 
 
 
272 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
268 aa  78.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.37 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.32 
 
 
299 aa  78.2  0.0000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
253 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
317 aa  77.4  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00194851  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
248 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  31.32 
 
 
274 aa  77  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
262 aa  77  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.5 
 
 
285 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  34.44 
 
 
287 aa  76.3  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.16 
 
 
286 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3749  short chain dehydrogenase  30.56 
 
 
254 aa  75.9  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.39 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.746633  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.96 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.22175 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2157  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
252 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166791  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1815  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
258 aa  75.5  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.644023 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
253 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
254 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1505  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.94 
 
 
244 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0160485  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.19 
 
 
285 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
255 aa  74.3  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  29.82 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.34 
 
 
261 aa  73.9  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.12 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.62 
 
 
271 aa  73.6  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  28.57 
 
 
261 aa  73.6  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4368  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.494566  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.43 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3998  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219529  normal  0.855518 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>