More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0878 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  100 
 
 
261 aa  530  1e-150  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.77 
 
 
262 aa  432  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  70.99 
 
 
264 aa  384  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  70.77 
 
 
260 aa  382  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  56.15 
 
 
261 aa  295  7e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.73 
 
 
264 aa  288  9e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.86 
 
 
264 aa  280  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4368  short chain dehydrogenase  53.36 
 
 
259 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.494566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3998  short chain dehydrogenase  53.36 
 
 
259 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219529  normal  0.855518 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  53.1 
 
 
259 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0350  short chain dehydrogenase  55.6 
 
 
260 aa  270  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4577  short chain dehydrogenase  52.38 
 
 
259 aa  267  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.795837 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  53.26 
 
 
259 aa  266  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  52.69 
 
 
260 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3525  short chain dehydrogenase  53.36 
 
 
259 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2733  short chain dehydrogenase  53.05 
 
 
262 aa  250  1e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.126682  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0339  short chain dehydrogenase  52.47 
 
 
263 aa  249  3e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6404  short chain dehydrogenase  52.31 
 
 
259 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.327689 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0740  short chain dehydrogenase  52.17 
 
 
259 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2029  short chain dehydrogenase  52.17 
 
 
259 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4387  short chain dehydrogenase  50.58 
 
 
260 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
259 aa  241  1e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
259 aa  241  1e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.787894 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0368  short chain dehydrogenase  51.36 
 
 
259 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4622  short chain dehydrogenase  46.74 
 
 
258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
262 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
262 aa  161  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2190  short chain dehydrogenase  39.3 
 
 
258 aa  160  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
268 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
268 aa  156  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0943  short chain dehydrogenase  35.52 
 
 
264 aa  154  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
268 aa  152  4e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5718  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 
264 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
261 aa  152  7e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5339  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 
264 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146559  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5428  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 
264 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.819965  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5918  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  38.76 
 
 
260 aa  145  8.000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
265 aa  144  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2001  putative short-chain alcohol dehydrogenase  38.49 
 
 
262 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.354016 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
262 aa  142  5e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
262 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.104801  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.58 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.93 
 
 
268 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
260 aa  139  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.628756 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 
259 aa  139  4.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
267 aa  138  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 
263 aa  137  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
267 aa  137  2e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2241  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.27 
 
 
245 aa  136  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000319418  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1835  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.43 
 
 
247 aa  135  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0909527  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
294 aa  135  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
268 aa  135  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.62458 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
268 aa  135  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.12 
 
 
248 aa  135  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
268 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002996  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  36.05 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000487281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2122  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.9 
 
 
245 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000118784  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31260  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  34.48 
 
 
266 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.974628  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
263 aa  132  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3090  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.96 
 
 
264 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0951235  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0824  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.05 
 
 
243 aa  132  7.999999999999999e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.19 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1074  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.5 
 
 
246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.956436  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.60133 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02908  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.27 
 
 
245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1817  short chain dehydrogenase  32.31 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.568851  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.43 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1871  short chain dehydrogenase  32.69 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3420  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.96 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.638189  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3188  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.58 
 
 
264 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3169  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.96 
 
 
264 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1131  acetoacetyl-CoA reductase  35.27 
 
 
248 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.735079  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3440  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.58 
 
 
264 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1877  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
263 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2001  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.35 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.46 
 
 
249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
362 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00359465  normal  0.191358 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2263  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
249 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412485  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
237 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6325  putative short-chain dehydrogenase  36.64 
 
 
260 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3407  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.58 
 
 
264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  33.71 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 
176 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  32.83 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.75 
 
 
249 aa  126  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
263 aa  126  3e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.196322  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1051  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.27 
 
 
245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305162  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72880  putative short-chain dehydrogenase  35.88 
 
 
260 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>