More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1877 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1877  short chain dehydrogenase  100 
 
 
263 aa  514  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7070  short chain dehydrogenase  61.33 
 
 
282 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.347938 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1992  short chain dehydrogenase  60 
 
 
291 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0627  short chain dehydrogenase  58.69 
 
 
265 aa  269  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.518617  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5385  short chain dehydrogenase  57.14 
 
 
262 aa  269  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7178  short chain dehydrogenase  47.29 
 
 
262 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0959368 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5486  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 
262 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6772  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 
262 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.646299 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6308  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 
262 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.367823 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6012  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 
262 aa  214  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.998031 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6360  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
262 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1790  short chain dehydrogenase  44.31 
 
 
263 aa  202  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.894713  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3320  short chain dehydrogenase  46.06 
 
 
262 aa  201  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.694446  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3470  short chain dehydrogenase  41.04 
 
 
262 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.698077  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
263 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1838  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
262 aa  175  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.149837  normal  0.135144 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.3 
 
 
299 aa  143  3e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
270 aa  143  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.06 
 
 
246 aa  139  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
250 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  41.3 
 
 
272 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
252 aa  139  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.92 
 
 
250 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  41.06 
 
 
257 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34130  oxidoreductase  40 
 
 
260 aa  138  8.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.72 
 
 
255 aa  137  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
254 aa  137  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.86 
 
 
251 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
264 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
262 aa  136  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
255 aa  136  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
261 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.27 
 
 
249 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  38.46 
 
 
257 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  38.87 
 
 
257 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  39.02 
 
 
258 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  38.46 
 
 
257 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
257 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0890906  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
246 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
251 aa  132  5e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
248 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
248 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
239 aa  131  9e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
247 aa  131  9e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2027  oxidoreductase  41.06 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.274157  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.31 
 
 
254 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
261 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
253 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1287  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.32 
 
 
252 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  39.44 
 
 
255 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
282 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
282 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
268 aa  129  6e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
248 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
253 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  36.54 
 
 
264 aa  129  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
251 aa  129  7.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
248 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
244 aa  128  7.000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
256 aa  129  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
251 aa  128  7.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
253 aa  128  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
260 aa  128  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.730129 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  34.4 
 
 
246 aa  128  9.000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
252 aa  128  9.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
262 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.3 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
261 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  37.85 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3809  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  39.83 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  36.21 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.6 
 
 
246 aa  126  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
251 aa  126  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
251 aa  126  3e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>