More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5385 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5385  short chain dehydrogenase  100 
 
 
262 aa  501  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7070  short chain dehydrogenase  57.2 
 
 
282 aa  280  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.347938 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1877  short chain dehydrogenase  57.14 
 
 
263 aa  269  4e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7178  short chain dehydrogenase  53.97 
 
 
262 aa  250  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0959368 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1992  short chain dehydrogenase  56.15 
 
 
291 aa  250  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5486  short chain dehydrogenase  53.57 
 
 
262 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6772  short chain dehydrogenase  53.57 
 
 
262 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.646299 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0627  short chain dehydrogenase  55.64 
 
 
265 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.518617  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3320  short chain dehydrogenase  53.57 
 
 
262 aa  248  9e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.694446  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6360  short chain dehydrogenase  53.57 
 
 
262 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6308  short chain dehydrogenase  53.17 
 
 
262 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.367823 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6012  short chain dehydrogenase  53.17 
 
 
262 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.998031 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1790  short chain dehydrogenase  52.57 
 
 
263 aa  240  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.894713  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1838  short chain dehydrogenase  50.39 
 
 
262 aa  225  6e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.149837  normal  0.135144 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3470  short chain dehydrogenase  46.88 
 
 
262 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.698077  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
263 aa  210  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
253 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
269 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.08 
 
 
250 aa  145  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
255 aa  145  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
255 aa  145  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
253 aa  145  8.000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
246 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.31 
 
 
246 aa  142  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
262 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.31 
 
 
246 aa  142  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.14 
 
 
255 aa  142  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
280 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
249 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
261 aa  139  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
240 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0723888  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
246 aa  139  6e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
263 aa  138  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
280 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
253 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3149  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
240 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
259 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
253 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
252 aa  137  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
253 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
263 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
256 aa  136  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
260 aa  135  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
253 aa  135  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
253 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
253 aa  135  8e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
253 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.4 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
252 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3166  sorbitol dehydrogenase  38.4 
 
 
269 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138901  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
240 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.76943  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
240 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.819971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
240 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
256 aa  133  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
251 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
256 aa  132  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3054  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.8 
 
 
243 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.106955  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
246 aa  132  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  132  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
246 aa  132  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
249 aa  132  6e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  42.91 
 
 
261 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.77 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  38.15 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  38 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.91 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
264 aa  130  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0620  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.22 
 
 
277 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.096892 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.25 
 
 
250 aa  129  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  39.46 
 
 
269 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
258 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
254 aa  128  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0664  cylG protein  32.92 
 
 
240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2249  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000113674  decreased coverage  1.89116e-19 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
271 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0167  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000024572  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  38.96 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.473951 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>