More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1838 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1838  short chain dehydrogenase  100 
 
 
262 aa  519  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.149837  normal  0.135144 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6360  short chain dehydrogenase  68.32 
 
 
262 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5486  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 
262 aa  352  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6772  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 
262 aa  352  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.646299 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6308  short chain dehydrogenase  67.8 
 
 
262 aa  348  4e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.367823 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7178  short chain dehydrogenase  68.18 
 
 
262 aa  348  5e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0959368 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6012  short chain dehydrogenase  67.8 
 
 
262 aa  348  6e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.998031 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3320  short chain dehydrogenase  67.05 
 
 
262 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.694446  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1790  short chain dehydrogenase  65.27 
 
 
263 aa  332  5e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.894713  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3470  short chain dehydrogenase  56.54 
 
 
262 aa  292  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.698077  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.26 
 
 
263 aa  241  9e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5385  short chain dehydrogenase  50.39 
 
 
262 aa  225  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7070  short chain dehydrogenase  48.19 
 
 
282 aa  216  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.347938 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0627  short chain dehydrogenase  45.67 
 
 
265 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.518617  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1877  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
263 aa  175  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1992  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
291 aa  172  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
254 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
252 aa  139  6e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
251 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
262 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  36.92 
 
 
269 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 
269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
258 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
255 aa  135  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
255 aa  135  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
516 aa  135  5e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
256 aa  135  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
256 aa  135  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.34 
 
 
250 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.25 
 
 
256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  36.84 
 
 
258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
252 aa  131  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
250 aa  131  9e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2753  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
265 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.26681  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4142  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
272 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.553245  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
259 aa  130  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.2 
 
 
252 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
251 aa  128  7.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
254 aa  128  8.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  37.35 
 
 
257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0326295 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  37.35 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.47 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  37.35 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
256 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
256 aa  126  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
252 aa  126  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
260 aa  125  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
262 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
244 aa  125  8.000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
266 aa  125  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
236 aa  125  9e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.433499  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.68 
 
 
255 aa  125  9e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  35.37 
 
 
252 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
275 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
254 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
258 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
267 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
263 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
253 aa  123  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
260 aa  123  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 
272 aa  123  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
250 aa  122  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
252 aa  122  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 
272 aa  123  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
252 aa  123  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.56 
 
 
255 aa  122  5e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0664  cylG protein  31.84 
 
 
240 aa  122  5e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
271 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
253 aa  122  6e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
263 aa  122  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
277 aa  122  7e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
247 aa  122  8e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
263 aa  122  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>