More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3886 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
263 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1790  short chain dehydrogenase  53.31 
 
 
263 aa  247  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.894713  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5486  short chain dehydrogenase  52.11 
 
 
262 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6772  short chain dehydrogenase  52.11 
 
 
262 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.646299 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7178  short chain dehydrogenase  51.72 
 
 
262 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0959368 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6360  short chain dehydrogenase  51.72 
 
 
262 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1838  short chain dehydrogenase  53.26 
 
 
262 aa  241  9e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.149837  normal  0.135144 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3320  short chain dehydrogenase  50.38 
 
 
262 aa  238  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.694446  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6308  short chain dehydrogenase  50.57 
 
 
262 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.367823 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6012  short chain dehydrogenase  50.57 
 
 
262 aa  237  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.998031 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7070  short chain dehydrogenase  50.4 
 
 
282 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.347938 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3470  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 
262 aa  215  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.698077  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5385  short chain dehydrogenase  48.61 
 
 
262 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1992  short chain dehydrogenase  48.41 
 
 
291 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1877  short chain dehydrogenase  43.68 
 
 
263 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0627  short chain dehydrogenase  45.21 
 
 
265 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.518617  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
246 aa  145  9e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
251 aa  144  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
252 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
280 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
244 aa  133  3e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
264 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
252 aa  133  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
248 aa  132  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
269 aa  132  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115705  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
280 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
269 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  40.96 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
280 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
260 aa  129  7.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.29 
 
 
246 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
251 aa  128  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
254 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
252 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.89 
 
 
246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
254 aa  125  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
247 aa  125  7e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
255 aa  125  7e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
262 aa  125  8.000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
261 aa  124  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
255 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
258 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
254 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
254 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
260 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
254 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
250 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
249 aa  123  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
254 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0664  cylG protein  32.78 
 
 
240 aa  122  5e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
254 aa  122  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
256 aa  122  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.86 
 
 
250 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  35.69 
 
 
258 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
254 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
249 aa  122  8e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
250 aa  121  9e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
251 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
251 aa  121  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  33.98 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
262 aa  120  3e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
252 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
253 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
255 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  36.69 
 
 
246 aa  120  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  35.77 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
274 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
244 aa  119  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  36.47 
 
 
257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
251 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  32.18 
 
 
259 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.55 
 
 
254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4004  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
259 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.132038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  36.8 
 
 
247 aa  119  6e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  35.57 
 
 
255 aa  119  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
250 aa  119  7e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
247 aa  118  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
252 aa  118  7.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
263 aa  118  9e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
251 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
259 aa  117  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
267 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 
268 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.43 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  36 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
253 aa  116  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>