More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3320 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3320  short chain dehydrogenase  100 
 
 
262 aa  525  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.694446  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5486  short chain dehydrogenase  72.03 
 
 
262 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6772  short chain dehydrogenase  72.03 
 
 
262 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.646299 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7178  short chain dehydrogenase  72.03 
 
 
262 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0959368 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6360  short chain dehydrogenase  71.65 
 
 
262 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6012  short chain dehydrogenase  69.73 
 
 
262 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.998031 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6308  short chain dehydrogenase  69.73 
 
 
262 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.367823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1790  short chain dehydrogenase  69.23 
 
 
263 aa  360  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.894713  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1838  short chain dehydrogenase  67.05 
 
 
262 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.149837  normal  0.135144 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3470  short chain dehydrogenase  56.15 
 
 
262 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.698077  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5385  short chain dehydrogenase  53.57 
 
 
262 aa  248  9e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7070  short chain dehydrogenase  48.61 
 
 
282 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.347938 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
263 aa  238  6.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1877  short chain dehydrogenase  46.06 
 
 
263 aa  201  8e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0627  short chain dehydrogenase  46.09 
 
 
265 aa  198  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.518617  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1992  short chain dehydrogenase  45.28 
 
 
291 aa  195  8.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
254 aa  179  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
260 aa  157  1e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  41.56 
 
 
252 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
249 aa  150  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.52 
 
 
247 aa  150  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.25 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4948  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.71 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539161  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.84 
 
 
246 aa  145  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
246 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.71 
 
 
250 aa  145  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  39.52 
 
 
253 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
262 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  35.57 
 
 
255 aa  144  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
253 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
254 aa  143  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
252 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
251 aa  142  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
258 aa  142  7e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
255 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  35.91 
 
 
249 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
252 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.73 
 
 
255 aa  140  3e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
253 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
259 aa  140  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
253 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
269 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
262 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
260 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
252 aa  138  8.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
256 aa  137  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
251 aa  137  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
255 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
252 aa  137  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 
253 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
253 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
246 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.25 
 
 
252 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
263 aa  135  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 
258 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
266 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
262 aa  135  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  36.4 
 
 
247 aa  135  9e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
252 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.48 
 
 
299 aa  134  9.999999999999999e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.45 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
250 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  35.89 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  35.6 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560297 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
250 aa  133  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
271 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
256 aa  133  3e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
247 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
254 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.55 
 
 
302 aa  132  3.9999999999999996e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.48 
 
 
249 aa  132  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
262 aa  132  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
282 aa  132  5e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
252 aa  132  5e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
246 aa  132  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
260 aa  132  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
244 aa  132  6.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
263 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>