More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0627 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0627  short chain dehydrogenase  100 
 
 
265 aa  525  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.518617  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7070  short chain dehydrogenase  67.7 
 
 
282 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.347938 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1992  short chain dehydrogenase  60.82 
 
 
291 aa  293  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1877  short chain dehydrogenase  58.69 
 
 
263 aa  279  4e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5385  short chain dehydrogenase  55.64 
 
 
262 aa  258  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5486  short chain dehydrogenase  48.43 
 
 
262 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6772  short chain dehydrogenase  48.43 
 
 
262 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.646299 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6360  short chain dehydrogenase  48.43 
 
 
262 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7178  short chain dehydrogenase  48.03 
 
 
262 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0959368 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6308  short chain dehydrogenase  46.06 
 
 
262 aa  208  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.367823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1790  short chain dehydrogenase  45.74 
 
 
263 aa  208  8e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.894713  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6012  short chain dehydrogenase  46.06 
 
 
262 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.998031 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3320  short chain dehydrogenase  46.09 
 
 
262 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.694446  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1838  short chain dehydrogenase  45.67 
 
 
262 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.149837  normal  0.135144 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 
263 aa  195  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3470  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
262 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.698077  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
258 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 
247 aa  135  5e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
255 aa  135  6.0000000000000005e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
249 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.51 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
246 aa  133  3e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.89 
 
 
246 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0923902  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
246 aa  128  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  35.39 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1731  sorbitol dehydrogenase  35.55 
 
 
256 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311786  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0095  sorbitol dehydrogenase  35.55 
 
 
256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1096  glucose dehydrogenase  37.65 
 
 
244 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0163868 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2072  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.6 
 
 
247 aa  125  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000027021  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.74 
 
 
244 aa  125  7e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
258 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
248 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
248 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.36 
 
 
246 aa  124  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
257 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.12 
 
 
249 aa  124  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
261 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.9 
 
 
250 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
247 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
254 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
254 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
249 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.3 
 
 
250 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
249 aa  122  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
255 aa  122  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
257 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
239 aa  122  4e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.82 
 
 
249 aa  123  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
249 aa  122  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
248 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  34.9 
 
 
250 aa  122  7e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  37.11 
 
 
258 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
248 aa  121  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
251 aa  121  9.999999999999999e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.94 
 
 
299 aa  121  9.999999999999999e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1051  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.27 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305162  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.6 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.6 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998929  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
254 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.87 
 
 
247 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
262 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
246 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.68 
 
 
248 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
255 aa  119  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
244 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
265 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.02 
 
 
302 aa  120  3e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  36.18 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0895  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.4 
 
 
245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0373369 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  31.1 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3935  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.78 
 
 
249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>