More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2753 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2753  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 265 aa  526  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.26681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  89.96 
 
 		 269 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  91.08 
 
 		 269 aa  480  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  75.58 
 
 		 258 aa  389  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  59.46 
 
 		 258 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  59.69 
 
 		 269 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  59.46 
 
 		 269 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  59.46 
 
 		 269 aa  279  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  59.46 
 
 		 259 aa  279  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  59.46 
 
 		 259 aa  279  3e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  59.46 
 
 		 259 aa  279  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  59.46 
 
 		 259 aa  278  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  59.46 
 
 		 259 aa  278  6e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  58.53 
 
 		 260 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  58.53 
 
 		 260 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  58.14 
 
 		 260 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  58.14 
 
 		 260 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4142  short chain dehydrogenase  51.87 
 
 		 272 aa  271  7e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.553245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  58.14 
 
 		 258 aa  267  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  57.75 
 
 		 258 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2765  short chain dehydrogenase  59.3 
 
 		 260 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.694613 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0545  short chain dehydrogenase  57.98 
 
 		 259 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.074184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0521  short chain dehydrogenase  57.2 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.847891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  53.31 
 
 		 261 aa  251  7e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3597  short chain dehydrogenase  46.88 
 
 		 259 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3761  short chain dehydrogenase  44.09 
 
 		 259 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 		 259 aa  214  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 		 246 aa  176  4e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 263 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 263 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 263 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 263 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 263 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 		 260 aa  174  9e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 		 246 aa  174  9e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 		 259 aa  174  9e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 		 257 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 		 246 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.49 
 
 		 246 aa  172  5e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 		 260 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  41.27 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 		 264 aa  169  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.63 
 
 		 249 aa  169  6e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 254 aa  168  8e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  40 
 
 		 247 aa  167  2e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.2 
 
 		 247 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.6 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.56 
 
 		 247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 		 283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 263 aa  166  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  166  5e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  166  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  166  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  166  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  166  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 263 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 		 271 aa  165  6.9999999999999995e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  39.76 
 
 		 263 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 256 aa  165  8e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  39.2 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 		 246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 		 239 aa  163  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.1 
 
 		 247 aa  163  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.43434  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 		 268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.19 
 
 		 253 aa  162  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 252 aa  162  6e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 		 244 aa  162  7e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.49 
 
 		 249 aa  161  9e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 252 aa  161  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 		 248 aa  161  9e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 		 255 aa  161  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  37.11 
 
 		 259 aa  160  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 272 aa  161  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  38.1 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 		 251 aa  159  3e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 		 251 aa  159  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 		 246 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  41.25 
 
 		 258 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 		 262 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 		 258 aa  159  5e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38 
 
 		 252 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.61 
 
 		 252 aa  158  7e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  40.7 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1752  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 		 254 aa  158  9e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 		 247 aa  158  9e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 		 251 aa  157  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 263 aa  157  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 		 253 aa  157  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 249 aa  157  1e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 258 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>