More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0328 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
272 aa  540  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.98 
 
 
274 aa  270  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.709092  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.53 
 
 
272 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.86 
 
 
277 aa  228  6e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 
280 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4948  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
270 aa  205  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617034  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  44.49 
 
 
266 aa  193  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.84 
 
 
267 aa  188  9e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0435882  hitchhiker  0.0000139106 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
268 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
266 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
267 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0968  putative short-chain dehydrogenase/reductase  39.6 
 
 
255 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  41.27 
 
 
287 aa  178  8e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10005  hypothetical protein  40.73 
 
 
289 aa  177  2e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.443768 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
251 aa  176  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
283 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0972  putative short-chain dehydrogenase/reductase  41.38 
 
 
268 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000126906  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  39.92 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.36 
 
 
267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.82 
 
 
249 aa  172  5e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 
290 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.269843 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
256 aa  171  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
265 aa  169  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
250 aa  168  7e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  41.7 
 
 
266 aa  168  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
262 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254231  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
273 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4952  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
269 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.560393  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
249 aa  163  3e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  41.54 
 
 
255 aa  162  6e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
260 aa  161  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
252 aa  161  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
251 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
251 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
251 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
273 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.824236  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
262 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.06102  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  40.47 
 
 
254 aa  159  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
248 aa  159  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
250 aa  159  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1935  putative short-chain alcohol dehydrogenase  39.23 
 
 
267 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000230306  normal  0.160662 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
279 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.869362  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
249 aa  159  6e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
251 aa  158  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.06 
 
 
267 aa  158  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365556  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
302 aa  158  1e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
252 aa  157  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
261 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
254 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
246 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
261 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  39.54 
 
 
269 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0644  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
252 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
282 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.57 
 
 
247 aa  156  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB00370  fatty acid beta-oxidation-related protein, putative  36.98 
 
 
292 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.170907  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  39.23 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.31 
 
 
255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
262 aa  155  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.618077  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.9 
 
 
246 aa  155  6e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
251 aa  155  7e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
262 aa  155  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
251 aa  155  8e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
255 aa  155  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
252 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
253 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
277 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
246 aa  154  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
248 aa  154  2e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  40.86 
 
 
255 aa  154  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5681  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
257 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622704  normal  0.299827 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.9 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0875  short chain dehydrogenase  40 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0875261  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.4 
 
 
246 aa  152  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  39.77 
 
 
256 aa  152  5e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
250 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
252 aa  152  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
249 aa  151  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
261 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
248 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
258 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
293 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
246 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
256 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
252 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
280 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
285 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
246 aa  149  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5379  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.61 
 
 
269 aa  149  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122542  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
270 aa  149  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.98 
 
 
285 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 
260 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 
260 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
276 aa  149  5e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>