More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3434 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  531  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.06102  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.04 
 
 
262 aa  455  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.92 
 
 
278 aa  394  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.63 
 
 
267 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0435882  hitchhiker  0.0000139106 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.17 
 
 
267 aa  300  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  51.14 
 
 
266 aa  272  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.3 
 
 
262 aa  262  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254231  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
273 aa  262  4.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.824236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.77 
 
 
262 aa  261  6e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.618077  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.61 
 
 
290 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.269843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
266 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.47 
 
 
267 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
267 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365556  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1935  putative short-chain alcohol dehydrogenase  47.13 
 
 
267 aa  238  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000230306  normal  0.160662 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
287 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0920178 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0968  putative short-chain dehydrogenase/reductase  48 
 
 
255 aa  237  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0972  putative short-chain dehydrogenase/reductase  46.36 
 
 
268 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000126906  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.8 
 
 
273 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.91 
 
 
277 aa  210  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5379  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.32 
 
 
269 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122542  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4948  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617034  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
268 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
280 aa  176  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 
274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.709092  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 
251 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
262 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
272 aa  170  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
252 aa  170  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  38.46 
 
 
257 aa  170  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
256 aa  170  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  41.09 
 
 
287 aa  168  9e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
257 aa  168  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
246 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
250 aa  165  6.9999999999999995e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
283 aa  165  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.94 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  39.92 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.3 
 
 
255 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
250 aa  163  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7132  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.928828  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
256 aa  162  7e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.64 
 
 
247 aa  162  7e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
256 aa  161  8.000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
247 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10005  hypothetical protein  38.72 
 
 
289 aa  161  1e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.443768 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
261 aa  160  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
258 aa  160  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
252 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  40.84 
 
 
251 aa  158  9e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
251 aa  158  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
246 aa  158  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
251 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2110  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
253 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
252 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.15 
 
 
246 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
245 aa  157  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  37.16 
 
 
247 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.15 
 
 
246 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB00370  fatty acid beta-oxidation-related protein, putative  37.78 
 
 
292 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.170907  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  39 
 
 
255 aa  155  7e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.47 
 
 
249 aa  155  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.76 
 
 
246 aa  155  8e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
246 aa  154  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  37.07 
 
 
247 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
253 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 
262 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
244 aa  154  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
254 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
244 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
253 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.15 
 
 
252 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
252 aa  152  4e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
251 aa  152  4e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
252 aa  152  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
257 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
252 aa  152  5e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
257 aa  152  5e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1466  short-chain alcohol dehydrogenase  43.24 
 
 
267 aa  152  7e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.137862  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
277 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.6 
 
 
262 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.02 
 
 
246 aa  151  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
249 aa  150  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
259 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1283  short-chain type dehydrogenase/reductase  35.61 
 
 
277 aa  150  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
255 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.74 
 
 
254 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
255 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
255 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
255 aa  149  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 
268 aa  150  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.35 
 
 
247 aa  149  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>