More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0104 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
278 aa  560  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.78 
 
 
262 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.92 
 
 
262 aa  394  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.06102  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.75 
 
 
267 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0435882  hitchhiker  0.0000139106 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.65 
 
 
267 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  53.41 
 
 
266 aa  273  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.86 
 
 
262 aa  256  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254231  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.65 
 
 
262 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.618077  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.43 
 
 
266 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.79 
 
 
287 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0920178 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1935  putative short-chain alcohol dehydrogenase  51.33 
 
 
267 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000230306  normal  0.160662 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.11 
 
 
290 aa  251  7e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.269843 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.35 
 
 
273 aa  251  9.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.824236  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.37 
 
 
267 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0972  putative short-chain dehydrogenase/reductase  49.43 
 
 
268 aa  248  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000126906  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.99 
 
 
267 aa  241  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365556  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0968  putative short-chain dehydrogenase/reductase  46.4 
 
 
255 aa  227  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
273 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.89 
 
 
277 aa  216  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5379  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.77 
 
 
269 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122542  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
274 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.709092  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
280 aa  179  5.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
268 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4948  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
270 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617034  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
272 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
252 aa  170  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2110  short chain dehydrogenase  41.47 
 
 
253 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10005  hypothetical protein  39.42 
 
 
289 aa  167  2e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.443768 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.96 
 
 
247 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  39.46 
 
 
257 aa  165  8e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
250 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  39.13 
 
 
287 aa  162  4.0000000000000004e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
257 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
256 aa  161  9e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
254 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7132  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
257 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.928828  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
253 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
246 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
246 aa  157  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  41.44 
 
 
251 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
252 aa  157  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.68 
 
 
244 aa  157  2e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
248 aa  156  3e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
252 aa  156  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  38.85 
 
 
259 aa  156  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
251 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  41.76 
 
 
253 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.84 
 
 
250 aa  155  9e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
261 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  38.17 
 
 
255 aa  154  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
251 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  38.35 
 
 
256 aa  154  2e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
255 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
252 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
283 aa  153  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
250 aa  152  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
262 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  38.08 
 
 
255 aa  152  7e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
261 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
252 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.54 
 
 
246 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.58 
 
 
249 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  38.78 
 
 
254 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
248 aa  149  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  39.06 
 
 
250 aa  149  4e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 
261 aa  149  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.15 
 
 
246 aa  148  8e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
265 aa  148  9e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  39.25 
 
 
257 aa  148  9e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0705  putative short-chain dehydrogenase/reductase  39.24 
 
 
256 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539769  normal  0.825895 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  39.25 
 
 
257 aa  148  9e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  39.25 
 
 
257 aa  148  9e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.66 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.03 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  36.92 
 
 
272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
244 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  36.92 
 
 
272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.7 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB00370  fatty acid beta-oxidation-related protein, putative  34.94 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.170907  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.09 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.05 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.185395  normal  0.212128 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  38.67 
 
 
247 aa  146  3e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 
261 aa  146  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.58 
 
 
262 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
252 aa  146  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 
257 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.3 
 
 
247 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.7 
 
 
252 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  36.29 
 
 
256 aa  145  5e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
249 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>