More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4948 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4948  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
270 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617034  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.71 
 
 
268 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.57 
 
 
280 aa  363  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  58.37 
 
 
287 aa  311  6.999999999999999e-84  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10005  hypothetical protein  58.33 
 
 
289 aa  293  2e-78  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.443768 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
277 aa  230  2e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
272 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
272 aa  205  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.32 
 
 
274 aa  186  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.709092  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.54 
 
 
250 aa  177  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
266 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
267 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
265 aa  169  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
267 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0435882  hitchhiker  0.0000139106 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
262 aa  169  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.06102  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  39.76 
 
 
257 aa  168  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  41.34 
 
 
266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0968  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.58 
 
 
255 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  39.46 
 
 
266 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5379  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.62 
 
 
269 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122542  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
262 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254231  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
262 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
256 aa  160  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
250 aa  159  6e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
251 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  36.96 
 
 
256 aa  157  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
256 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
251 aa  154  1e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
249 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
290 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.269843 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0972  putative short-chain dehydrogenase/reductase  37.64 
 
 
268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000126906  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
252 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
252 aa  152  4e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
252 aa  153  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
273 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2110  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 
253 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
251 aa  151  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
253 aa  150  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.8 
 
 
246 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
254 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  36.47 
 
 
286 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
269 aa  150  2e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
252 aa  150  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
262 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.618077  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
258 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
246 aa  150  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
256 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
246 aa  149  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1935  putative short-chain alcohol dehydrogenase  36.5 
 
 
267 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000230306  normal  0.160662 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
252 aa  149  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
257 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
252 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
248 aa  148  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
257 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  37.5 
 
 
257 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
255 aa  146  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
255 aa  146  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
255 aa  146  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.63 
 
 
247 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3838  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0844914  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  37.7 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
270 aa  145  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
253 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 
253 aa  145  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
287 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
255 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00771979  normal  0.364643 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
298 aa  144  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
251 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
258 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
285 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
285 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
288 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  34.87 
 
 
258 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
285 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.06 
 
 
252 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
253 aa  144  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
252 aa  145  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
285 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 
253 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
252 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
282 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
253 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
256 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
253 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
287 aa  142  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
285 aa  142  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
282 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
282 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
249 aa  142  5e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
248 aa  142  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
253 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
252 aa  142  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
250 aa  142  6e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>