More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1330 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
285 aa  586  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.39 
 
 
285 aa  558  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.39 
 
 
285 aa  558  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.97 
 
 
286 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.07 
 
 
286 aa  463  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.84 
 
 
285 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.19 
 
 
285 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.92 
 
 
286 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.09 
 
 
285 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.09 
 
 
285 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.33 
 
 
285 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  75.8 
 
 
285 aa  444  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.09 
 
 
285 aa  441  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.73 
 
 
286 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.28 
 
 
285 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  73.05 
 
 
288 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.99 
 
 
288 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.89 
 
 
286 aa  423  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.72 
 
 
286 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.12 
 
 
285 aa  414  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.58 
 
 
311 aa  416  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.79 
 
 
288 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.02 
 
 
285 aa  404  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.25 
 
 
286 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.96 
 
 
285 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.26 
 
 
285 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.43 
 
 
292 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  65.85 
 
 
286 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.04 
 
 
300 aa  386  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.15 
 
 
280 aa  382  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.11 
 
 
285 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
285 aa  377  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.66 
 
 
285 aa  380  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
285 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.56 
 
 
298 aa  364  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.21 
 
 
288 aa  364  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.14 
 
 
290 aa  348  4e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.25 
 
 
297 aa  346  3e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.79 
 
 
290 aa  346  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.35 
 
 
298 aa  345  4e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.79 
 
 
290 aa  345  6e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
295 aa  344  8e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.93 
 
 
293 aa  343  2e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.64 
 
 
295 aa  341  5.999999999999999e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.04 
 
 
291 aa  341  9e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.69 
 
 
292 aa  338  4e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.57 
 
 
295 aa  336  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.22 
 
 
293 aa  336  2.9999999999999997e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.88 
 
 
308 aa  331  7.000000000000001e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.42 
 
 
297 aa  325  4.0000000000000003e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  57.45 
 
 
297 aa  322  6e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.73 
 
 
285 aa  321  9.000000000000001e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
288 aa  318  9e-86  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  56.07 
 
 
286 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
333 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.43 
 
 
335 aa  312  2.9999999999999996e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.61 
 
 
285 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
285 aa  311  7.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.36 
 
 
333 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.45 
 
 
287 aa  308  5e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.27 
 
 
287 aa  308  6.999999999999999e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 
335 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  53.68 
 
 
288 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.23 
 
 
306 aa  306  3e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  51.97 
 
 
291 aa  305  4.0000000000000004e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.79 
 
 
293 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.04 
 
 
284 aa  305  5.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  54.78 
 
 
286 aa  305  6e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.95 
 
 
286 aa  304  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.35 
 
 
304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
286 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  55.04 
 
 
298 aa  302  5.000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.36 
 
 
340 aa  302  5.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  53.96 
 
 
288 aa  301  7.000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.43 
 
 
288 aa  301  7.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.71 
 
 
284 aa  301  8.000000000000001e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.757824  normal  0.126466 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  54.72 
 
 
288 aa  300  1e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  54.71 
 
 
294 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  54.71 
 
 
294 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  54.71 
 
 
294 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  53.28 
 
 
288 aa  300  2e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  54.71 
 
 
294 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
337 aa  299  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  54.58 
 
 
328 aa  299  3e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.38 
 
 
299 aa  299  3e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  54.71 
 
 
294 aa  299  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
328 aa  299  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.31 
 
 
334 aa  299  4e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 
292 aa  299  4e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  53.96 
 
 
288 aa  298  5e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  53.96 
 
 
288 aa  298  5e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  53.96 
 
 
288 aa  298  5e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  53.96 
 
 
288 aa  298  5e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  53.58 
 
 
288 aa  298  5e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 
288 aa  297  1e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.26 
 
 
284 aa  297  1e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163262  normal  0.97721 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  53.99 
 
 
294 aa  296  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  53.99 
 
 
294 aa  296  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
296 aa  297  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.530393 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  53.65 
 
 
288 aa  296  2e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>