More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1441 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  536  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0435882  hitchhiker  0.0000139106 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.19 
 
 
267 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
273 aa  306  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.824236  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.63 
 
 
262 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.06102  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.75 
 
 
278 aa  297  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.45 
 
 
287 aa  295  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0920178 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.02 
 
 
262 aa  294  8e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.56 
 
 
262 aa  281  8.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254231  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.7 
 
 
262 aa  279  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.618077  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  52.09 
 
 
266 aa  266  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.03 
 
 
290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.269843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
266 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.14 
 
 
267 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.27 
 
 
267 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365556  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.66 
 
 
273 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0968  putative short-chain dehydrogenase/reductase  45.88 
 
 
255 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5379  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.48 
 
 
269 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122542  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0972  putative short-chain dehydrogenase/reductase  47.13 
 
 
268 aa  218  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000126906  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1935  putative short-chain alcohol dehydrogenase  46.33 
 
 
267 aa  214  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000230306  normal  0.160662 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.05 
 
 
277 aa  201  8e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
272 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.84 
 
 
272 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
274 aa  187  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.709092  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
280 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  43.92 
 
 
287 aa  177  2e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4948  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
270 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617034  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
257 aa  168  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
254 aa  166  5e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.7 
 
 
247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 
250 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  37.26 
 
 
261 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.09 
 
 
252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2853  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.89 
 
 
249 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  38.31 
 
 
257 aa  161  9e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
268 aa  160  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.47 
 
 
252 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
283 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.47 
 
 
252 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1082  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.47 
 
 
252 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  38.93 
 
 
258 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1234  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.09 
 
 
252 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2279  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.7 
 
 
252 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0734  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.7 
 
 
252 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.439886  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1076  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.7 
 
 
252 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.7 
 
 
252 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7567  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.7 
 
 
252 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0876  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
252 aa  156  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10005  hypothetical protein  38.06 
 
 
289 aa  153  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.443768 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
252 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
258 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
252 aa  152  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2616  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.3 
 
 
252 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
256 aa  152  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4952  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
269 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.560393  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1358  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.15 
 
 
255 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
245 aa  152  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
244 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
246 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
244 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
258 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
257 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2175  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.47 
 
 
252 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.274234  hitchhiker  0.0000363255 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
248 aa  149  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  40.61 
 
 
266 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
258 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  38.29 
 
 
269 aa  148  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.15 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.78 
 
 
249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.933062  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699646  normal  0.368322 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5746  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
252 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00520623  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
244 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2464  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
252 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  38.17 
 
 
259 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0620  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3402  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.08 
 
 
252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.615434  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
246 aa  145  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2329  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
252 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53096  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0675  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.43 
 
 
253 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.228459  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.618168  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
254 aa  145  8.000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.7 
 
 
262 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
257 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1094  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.15 
 
 
252 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3597  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
259 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1429  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
256 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.865814 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
246 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2423  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.15 
 
 
252 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.334862 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
253 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1807  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.7 
 
 
252 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2419  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.7 
 
 
252 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0453147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>