More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4328 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
290 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.269843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.64 
 
 
267 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.89 
 
 
267 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365556  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  80.38 
 
 
266 aa  434  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.61 
 
 
262 aa  265  5e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.06102  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
266 aa  263  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.03 
 
 
267 aa  263  3e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0435882  hitchhiker  0.0000139106 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0972  putative short-chain dehydrogenase/reductase  50.19 
 
 
268 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000126906  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.11 
 
 
278 aa  258  7e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.14 
 
 
267 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.61 
 
 
262 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0968  putative short-chain dehydrogenase/reductase  48.02 
 
 
255 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1935  putative short-chain alcohol dehydrogenase  47.92 
 
 
267 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000230306  normal  0.160662 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
273 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5379  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.66 
 
 
269 aa  228  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122542  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.53 
 
 
277 aa  218  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
273 aa  217  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.824236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.69 
 
 
262 aa  216  5e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.618077  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
272 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 
262 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254231  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.11 
 
 
257 aa  205  9e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
251 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 
272 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0920178 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  39.92 
 
 
257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
252 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
251 aa  181  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4952  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
269 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.560393  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
257 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.15 
 
 
254 aa  179  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.55 
 
 
250 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
256 aa  179  4.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.6 
 
 
246 aa  179  7e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 
261 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
274 aa  177  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.709092  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
246 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
280 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.07 
 
 
255 aa  177  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.07 
 
 
255 aa  177  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
256 aa  176  3e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
282 aa  176  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10005  hypothetical protein  37.45 
 
 
289 aa  176  5e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.443768 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
246 aa  176  5e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
258 aa  175  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.39 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
248 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4948  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617034  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0876  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.15 
 
 
252 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
250 aa  172  5e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1234  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.53 
 
 
252 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0734  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.15 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.439886  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.15 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7567  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2279  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.15 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.15 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1076  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.15 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
254 aa  171  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
268 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
258 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1082  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.53 
 
 
252 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
251 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
254 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
252 aa  169  4e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
250 aa  169  6e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  38.46 
 
 
287 aa  167  2e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.3 
 
 
249 aa  167  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
251 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
251 aa  167  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
257 aa  167  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
250 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  38.11 
 
 
254 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.88 
 
 
249 aa  165  8e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  39.08 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.85 
 
 
252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
267 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  40.75 
 
 
257 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
281 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  38.7 
 
 
253 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
246 aa  161  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
252 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.17 
 
 
246 aa  161  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.7 
 
 
253 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
253 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
261 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 
253 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2289  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.91 
 
 
253 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2329  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.77 
 
 
252 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53096  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.15 
 
 
246 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2464  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.38 
 
 
252 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.23 
 
 
262 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0873  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.38 
 
 
252 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0691884  normal  0.680031 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.39 
 
 
246 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.39 
 
 
246 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>