More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3597 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3597  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 259 aa  532  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  72.59 
 
 		 259 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3761  short chain dehydrogenase  73.36 
 
 		 259 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  56.08 
 
 		 258 aa  299  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  54.44 
 
 		 260 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  54.44 
 
 		 260 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  54.44 
 
 		 260 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  53.67 
 
 		 260 aa  288  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  51.56 
 
 		 259 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  51.17 
 
 		 269 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  51.17 
 
 		 269 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4142  short chain dehydrogenase  53.15 
 
 		 272 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.553245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  51.17 
 
 		 259 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  51.17 
 
 		 259 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  51.17 
 
 		 259 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  51.17 
 
 		 259 aa  281  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  54.9 
 
 		 258 aa  279  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 269 aa  277  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  54.12 
 
 		 258 aa  275  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2765  short chain dehydrogenase  53.67 
 
 		 260 aa  265  7e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.694613 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0545  short chain dehydrogenase  52.73 
 
 		 259 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.074184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0521  short chain dehydrogenase  52.12 
 
 		 260 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.847891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  48.82 
 
 		 261 aa  258  5.0000000000000005e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  47.29 
 
 		 269 aa  238  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 		 258 aa  235  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 		 269 aa  234  9e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2753  short chain dehydrogenase  47.27 
 
 		 265 aa  227  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.26681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 252 aa  179  4e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 		 260 aa  161  8.000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.28 
 
 		 255 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  39.23 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 263 aa  160  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  160  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  160  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 		 253 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 263 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  38.65 
 
 		 263 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  38.22 
 
 		 253 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.01 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.65 
 
 		 249 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 		 245 aa  155  8e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 		 258 aa  155  8e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  35.91 
 
 		 253 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 256 aa  154  9e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  35.91 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 		 249 aa  154  2e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.46 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 		 252 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 249 aa  151  8.999999999999999e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 		 263 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  36.47 
 
 		 255 aa  150  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  33.59 
 
 		 258 aa  150  2e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.13 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  32.41 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 		 260 aa  150  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.13 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 		 264 aa  149  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 		 253 aa  150  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 		 249 aa  149  5e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 		 249 aa  149  6e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 		 271 aa  148  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 248 aa  148  8e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 		 264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 		 260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.22175 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 		 250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.47 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 		 263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 		 259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 266 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 257 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 257 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 246 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 		 282 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.78 
 
 		 249 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 		 257 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 249 aa  145  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.43434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>