More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2723 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 
285 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.3 
 
 
285 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.58 
 
 
285 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.82 
 
 
285 aa  513  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.63 
 
 
286 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  80.28 
 
 
286 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.19 
 
 
285 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  63.54 
 
 
288 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
285 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.89 
 
 
288 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.05 
 
 
285 aa  372  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.4 
 
 
285 aa  373  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.19 
 
 
288 aa  368  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  62.46 
 
 
285 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.22 
 
 
285 aa  369  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 
285 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.49 
 
 
286 aa  366  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.84 
 
 
286 aa  362  4e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.7 
 
 
285 aa  362  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.35 
 
 
285 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.99 
 
 
286 aa  361  6e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.81 
 
 
280 aa  359  2e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.79 
 
 
286 aa  358  5e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.6 
 
 
285 aa  351  5.9999999999999994e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.95 
 
 
285 aa  349  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.3 
 
 
285 aa  348  5e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 
285 aa  345  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.95 
 
 
285 aa  346  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.72 
 
 
288 aa  344  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.1 
 
 
286 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.25 
 
 
285 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.41 
 
 
300 aa  342  5e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.75 
 
 
311 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.99 
 
 
286 aa  335  3.9999999999999995e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.66 
 
 
292 aa  334  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
290 aa  329  3e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
290 aa  329  3e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
290 aa  328  6e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.95 
 
 
298 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
291 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
295 aa  319  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
295 aa  318  9e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
295 aa  314  8e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.41 
 
 
298 aa  314  9.999999999999999e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
293 aa  311  7.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
292 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
297 aa  303  3.0000000000000004e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.63 
 
 
308 aa  300  3e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.45 
 
 
293 aa  297  2e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.45 
 
 
285 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.23 
 
 
288 aa  295  5e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.07 
 
 
293 aa  294  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 
284 aa  293  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.22798  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
298 aa  293  2e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
304 aa  292  4e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
287 aa  291  7e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.21 
 
 
333 aa  290  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.92 
 
 
305 aa  290  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.27 
 
 
285 aa  288  5.0000000000000004e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3667  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 
284 aa  285  5e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.847413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  50.37 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
284 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  53.21 
 
 
297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.21 
 
 
335 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  51.76 
 
 
328 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15410  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  53.17 
 
 
313 aa  282  5.000000000000001e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.170308  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 
328 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27180  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  51.46 
 
 
281 aa  281  7.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.8 
 
 
285 aa  281  7.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.603842  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
287 aa  281  8.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  49.64 
 
 
288 aa  281  1e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  50 
 
 
288 aa  280  1e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 
337 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.08 
 
 
285 aa  280  3e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716847  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  49.63 
 
 
288 aa  279  3e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.08 
 
 
285 aa  280  3e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.110576 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  49.64 
 
 
288 aa  279  4e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  50 
 
 
288 aa  278  5e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  50 
 
 
288 aa  278  5e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  50 
 
 
288 aa  278  5e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  50 
 
 
288 aa  278  5e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
292 aa  279  5e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 
285 aa  278  6e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  50.36 
 
 
288 aa  278  6e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
285 aa  278  8e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.13 
 
 
301 aa  278  8e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  51.25 
 
 
334 aa  278  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.28 
 
 
286 aa  277  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.9 
 
 
286 aa  276  2e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.066838  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.28 
 
 
286 aa  276  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.26 
 
 
286 aa  276  2e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.457155  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
297 aa  276  2e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  48.91 
 
 
288 aa  276  3e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 
340 aa  276  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  48.74 
 
 
286 aa  275  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.26 
 
 
288 aa  275  7e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.3 
 
 
286 aa  275  9e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.3 
 
 
286 aa  275  9e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.317832 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.77 
 
 
335 aa  274  1.0000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
282 aa  274  1.0000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.144902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>