More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4238 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  100 
 
 
264 aa  533  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  81.92 
 
 
260 aa  441  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  70.99 
 
 
261 aa  384  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.61 
 
 
262 aa  384  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.25 
 
 
264 aa  301  7.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
264 aa  293  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  52.11 
 
 
261 aa  267  1e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0350  short chain dehydrogenase  51.74 
 
 
260 aa  261  6.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4368  short chain dehydrogenase  51.57 
 
 
259 aa  260  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.494566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3998  short chain dehydrogenase  51.57 
 
 
259 aa  260  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219529  normal  0.855518 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  50 
 
 
260 aa  255  6e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  53.28 
 
 
259 aa  251  7e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 
259 aa  245  6.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3525  short chain dehydrogenase  50.79 
 
 
259 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0339  short chain dehydrogenase  52.27 
 
 
263 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4577  short chain dehydrogenase  49.8 
 
 
259 aa  243  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.795837 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2733  short chain dehydrogenase  50.78 
 
 
262 aa  238  8e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.126682  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6404  short chain dehydrogenase  50.39 
 
 
259 aa  234  8e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.327689 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
259 aa  234  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
259 aa  234  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.787894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4387  short chain dehydrogenase  48.26 
 
 
260 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2029  short chain dehydrogenase  51.18 
 
 
259 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0740  short chain dehydrogenase  51.18 
 
 
259 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4622  short chain dehydrogenase  50 
 
 
258 aa  219  5e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0368  short chain dehydrogenase  49.41 
 
 
259 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
262 aa  185  7e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
268 aa  163  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
262 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  37.36 
 
 
268 aa  155  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
261 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.52 
 
 
247 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2190  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
258 aa  150  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
261 aa  149  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5718  short chain dehydrogenase  35.94 
 
 
264 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.31 
 
 
249 aa  149  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
265 aa  148  8e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.104801  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5339  short chain dehydrogenase  35.55 
 
 
264 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146559  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5428  short chain dehydrogenase  35.55 
 
 
264 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.819965  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
268 aa  145  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5918  short chain dehydrogenase  35.41 
 
 
264 aa  145  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0943  short chain dehydrogenase  35.55 
 
 
264 aa  145  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  38.67 
 
 
260 aa  145  9e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.13 
 
 
268 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31260  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  35.85 
 
 
266 aa  144  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.974628  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
261 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2241  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.29 
 
 
245 aa  143  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000319418  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2001  putative short-chain alcohol dehydrogenase  38.7 
 
 
262 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.354016 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  34.72 
 
 
261 aa  142  7e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
261 aa  142  7e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5123  acetoacetyl-CoA reductase  36.54 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
262 aa  139  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.45 
 
 
249 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
258 aa  139  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72880  putative short-chain dehydrogenase  36.36 
 
 
260 aa  139  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.48 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3406  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.69 
 
 
249 aa  139  4.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.72 
 
 
248 aa  139  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
268 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1549  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.45 
 
 
256 aa  138  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.755021  normal  0.0732126 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
268 aa  139  7e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1131  acetoacetyl-CoA reductase  35.27 
 
 
248 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.735079  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.45 
 
 
277 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.48 
 
 
248 aa  138  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
268 aa  137  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.62458 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.48 
 
 
246 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.82 
 
 
299 aa  137  2e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.85 
 
 
267 aa  137  2e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.71 
 
 
250 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
267 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
257 aa  137  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
261 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
261 aa  136  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
247 aa  136  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.25 
 
 
246 aa  136  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.64 
 
 
247 aa  136  4e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
254 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0167  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.29 
 
 
241 aa  135  5e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000024572  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1835  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.82 
 
 
247 aa  135  8e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0909527  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002996  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  34.51 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000487281  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
241 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00191799  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 
265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6325  putative short-chain dehydrogenase  35.98 
 
 
260 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0917  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.11 
 
 
249 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.23 
 
 
245 aa  133  3e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2554  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.3114e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.71 
 
 
246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1214  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000193485  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2231  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000399569  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2034  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  decreased coverage  0.000000561813 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1215  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  7.480399999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.51 
 
 
244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000339194  hitchhiker  0.00000190522 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2601  acetoacetyl-CoA reductase  31.78 
 
 
248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>