More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4387 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4387  short chain dehydrogenase  100 
 
 
260 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  73.95 
 
 
259 aa  355  5e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  66.92 
 
 
259 aa  348  4e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 
260 aa  345  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0350  short chain dehydrogenase  66.15 
 
 
260 aa  343  1e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4577  short chain dehydrogenase  66.15 
 
 
259 aa  340  1e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.795837 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4368  short chain dehydrogenase  65.77 
 
 
259 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.494566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3998  short chain dehydrogenase  65.77 
 
 
259 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219529  normal  0.855518 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0339  short chain dehydrogenase  69.85 
 
 
263 aa  330  2e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3525  short chain dehydrogenase  66.15 
 
 
259 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6404  short chain dehydrogenase  66.92 
 
 
259 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.327689 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.85 
 
 
259 aa  310  2e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.85 
 
 
259 aa  310  2e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.787894 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2029  short chain dehydrogenase  66.02 
 
 
259 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0740  short chain dehydrogenase  65.64 
 
 
259 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0368  short chain dehydrogenase  64.23 
 
 
259 aa  299  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  51.35 
 
 
260 aa  266  2.9999999999999995e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  53.67 
 
 
261 aa  258  8e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  50.58 
 
 
261 aa  257  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
262 aa  255  6e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2733  short chain dehydrogenase  54.94 
 
 
262 aa  248  6e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.126682  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  48.26 
 
 
264 aa  244  8e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.02 
 
 
264 aa  236  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
264 aa  219  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4622  short chain dehydrogenase  52.96 
 
 
258 aa  201  8e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5339  short chain dehydrogenase  38.91 
 
 
264 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146559  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5428  short chain dehydrogenase  38.91 
 
 
264 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.819965  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5918  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
264 aa  157  1e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.89 
 
 
261 aa  156  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5718  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 
264 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.57 
 
 
176 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
262 aa  153  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0943  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
264 aa  149  6e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  36.7 
 
 
268 aa  142  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
268 aa  137  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  35.96 
 
 
268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
267 aa  135  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
263 aa  135  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  37.26 
 
 
260 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2190  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
268 aa  129  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
268 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
268 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.62458 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
237 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.19 
 
 
268 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
261 aa  124  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
255 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.104801  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
263 aa  124  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31260  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  34.33 
 
 
266 aa  124  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.974628  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
265 aa  123  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.60133 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
264 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
263 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
260 aa  122  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.628756 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
254 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
259 aa  122  8e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  30.53 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  30.97 
 
 
261 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.97 
 
 
261 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
262 aa  118  9e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
239 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.96 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
254 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.19 
 
 
261 aa  115  5e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.658304  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
252 aa  116  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
237 aa  115  6e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2001  putative short-chain alcohol dehydrogenase  35.21 
 
 
262 aa  115  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.354016 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
279 aa  115  8.999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.270996  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  34.96 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
265 aa  113  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0407  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.89 
 
 
247 aa  113  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.436635  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1400  short chain dehydrogenase  30.53 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.473326  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.06 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1790  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.894713  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
259 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00522333  unclonable  4.08177e-18 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.19 
 
 
263 aa  112  5e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
256 aa  112  6e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.44 
 
 
262 aa  112  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
267 aa  112  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0190565  normal  0.0181736 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
265 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.42 
 
 
247 aa  111  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 
256 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849421 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.48 
 
 
263 aa  112  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1817  short chain dehydrogenase  30.53 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.568851  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.53126  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0400  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.65 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0215607  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.62 
 
 
267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2241  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.4 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000319418  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.86 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4481  sorbitol-6-phosphate 2-dehydrogenase  33.09 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.628006 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363126  normal  0.172275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>