More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6446 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
259 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00522333  unclonable  4.08177e-18 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
263 aa  192  6e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
261 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
262 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
262 aa  182  3e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
261 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 
267 aa  175  6e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
262 aa  174  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
247 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
262 aa  163  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
261 aa  160  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
261 aa  158  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  38.46 
 
 
261 aa  158  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
260 aa  158  1e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
259 aa  156  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
260 aa  156  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  36.64 
 
 
259 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
263 aa  156  3e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
260 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
256 aa  152  5e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
262 aa  152  5e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
262 aa  151  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
263 aa  151  8e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
261 aa  150  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
259 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
248 aa  150  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
259 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
294 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
277 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
259 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
257 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
252 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
259 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
253 aa  148  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
258 aa  148  8e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
259 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
260 aa  148  9e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
285 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.8 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.13 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32556  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  35.8 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209308  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
261 aa  146  3e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.658304  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
263 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2157  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
252 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166791  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
259 aa  145  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
256 aa  145  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
255 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
255 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 
255 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
259 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 
255 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  37.02 
 
 
263 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
246 aa  144  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
263 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.64 
 
 
325 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
259 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
265 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
261 aa  144  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0761637  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
255 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
255 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
264 aa  143  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 
246 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 
246 aa  143  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 
246 aa  143  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
249 aa  143  3e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
261 aa  143  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 
246 aa  142  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
246 aa  142  4e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
246 aa  142  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
246 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
255 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
246 aa  142  5e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.55 
 
 
249 aa  142  6e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
255 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
264 aa  142  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.21 
 
 
269 aa  142  7e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.196322  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
237 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  35.77 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
265 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
258 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.298877  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.58 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.567568 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  35.8 
 
 
267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.58 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
248 aa  139  3e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
259 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 
262 aa  139  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>