More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6404 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6404  short chain dehydrogenase  100 
 
 
259 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.327689 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  84.11 
 
 
259 aa  441  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4368  short chain dehydrogenase  83.78 
 
 
259 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.494566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3998  short chain dehydrogenase  83.78 
 
 
259 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219529  normal  0.855518 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3525  short chain dehydrogenase  83.4 
 
 
259 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4577  short chain dehydrogenase  72.59 
 
 
259 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.795837 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  70.27 
 
 
259 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0740  short chain dehydrogenase  72.83 
 
 
259 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2029  short chain dehydrogenase  73.23 
 
 
259 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  65.64 
 
 
260 aa  340  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.11 
 
 
259 aa  336  2.9999999999999997e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0339  short chain dehydrogenase  68.32 
 
 
263 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.11 
 
 
259 aa  336  2.9999999999999997e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.787894 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0350  short chain dehydrogenase  66.92 
 
 
260 aa  331  8e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4387  short chain dehydrogenase  66.92 
 
 
260 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0368  short chain dehydrogenase  69.5 
 
 
259 aa  325  5e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.58 
 
 
176 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  52.31 
 
 
261 aa  263  2e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  52.9 
 
 
261 aa  260  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 
262 aa  254  7e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  49.81 
 
 
260 aa  249  3e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  50.39 
 
 
264 aa  247  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.38 
 
 
264 aa  246  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2733  short chain dehydrogenase  53.94 
 
 
262 aa  244  9.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.126682  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
264 aa  231  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4622  short chain dehydrogenase  52.17 
 
 
258 aa  211  7e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5339  short chain dehydrogenase  42.02 
 
 
264 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146559  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5428  short chain dehydrogenase  42.02 
 
 
264 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.819965  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5718  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 
264 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5918  short chain dehydrogenase  41.34 
 
 
264 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
261 aa  154  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0943  short chain dehydrogenase  41.27 
 
 
264 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2190  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 
258 aa  152  7e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
262 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
262 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  37.04 
 
 
268 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.74 
 
 
248 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 
294 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
268 aa  132  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 
268 aa  131  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002996  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  33.85 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000487281  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02908  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.68 
 
 
245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
263 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
267 aa  125  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
261 aa  124  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
255 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.104801  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
265 aa  122  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  34.39 
 
 
258 aa  122  7e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2241  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
245 aa  121  9e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000319418  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  34.62 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
262 aa  121  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  33.09 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2001  putative short-chain alcohol dehydrogenase  34.09 
 
 
262 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.354016 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0407  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.94 
 
 
247 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.436635  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0461  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase  34.98 
 
 
246 aa  119  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.230062  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  30.98 
 
 
252 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
256 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.0058487  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
251 aa  118  7.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.21 
 
 
249 aa  118  9e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 
263 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  33.46 
 
 
254 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1089  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.319271  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
262 aa  116  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
262 aa  116  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31260  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  31.84 
 
 
266 aa  116  3e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.974628  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
246 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.658304  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1906  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.07 
 
 
244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000158661  hitchhiker  0.0000072353 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.55 
 
 
268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849421 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4563  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
250 aa  116  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.332785  normal  0.123242 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
262 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0400  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.56 
 
 
247 aa  116  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0215607  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
249 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2132  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
244 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000343702  normal  0.0291609 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1549  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.46 
 
 
256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.755021  normal  0.0732126 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1769  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.63 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
254 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29 
 
 
267 aa  113  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.58 
 
 
248 aa  113  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.440824  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.82 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  31.84 
 
 
261 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
262 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
261 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1400  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
264 aa  112  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.473326  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.06 
 
 
265 aa  112  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.60133 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  31.3 
 
 
263 aa  112  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>