More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3570 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
259 aa  503  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.83 
 
 
261 aa  237  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
260 aa  227  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
260 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
262 aa  225  5.0000000000000005e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  45.21 
 
 
261 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.62 
 
 
266 aa  214  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.37 
 
 
261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.39 
 
 
262 aa  206  3e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.32 
 
 
261 aa  206  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
261 aa  205  7e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
257 aa  204  8e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0315057  normal  0.582541 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.13 
 
 
261 aa  204  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.283398  normal  0.300878 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 
269 aa  202  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
261 aa  201  9e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
262 aa  199  3e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.34 
 
 
261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.337178 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
262 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.59 
 
 
261 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.203638  normal  0.0877648 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
261 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.42 
 
 
261 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.696622  normal  0.57076 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3440  putative short chain dehydrogenase  48.66 
 
 
261 aa  194  9e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
277 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.8 
 
 
262 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163833  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
259 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
285 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
259 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
259 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
278 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
248 aa  180  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
263 aa  180  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.58 
 
 
262 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
259 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
259 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
259 aa  176  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
264 aa  175  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
259 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
263 aa  171  7.999999999999999e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
260 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  42.41 
 
 
263 aa  169  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
259 aa  169  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
245 aa  169  4e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
237 aa  169  5e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.58 
 
 
325 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
259 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
261 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  41.34 
 
 
259 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
263 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
261 aa  165  8e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
271 aa  163  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.196322  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
267 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
276 aa  162  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1882  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.8 
 
 
259 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1234  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.8 
 
 
259 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.8 
 
 
259 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00809972  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.8 
 
 
259 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0730868  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1078  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.8 
 
 
259 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.296983  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0789  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.8 
 
 
259 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0355352  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
237 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1388  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.8 
 
 
259 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 
265 aa  161  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
264 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0866404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.08 
 
 
259 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
260 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
259 aa  158  7e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.28 
 
 
260 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
263 aa  157  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
259 aa  157  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3053  oxidoreductase  41.34 
 
 
260 aa  157  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.42458  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
262 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
260 aa  157  2e-37  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
259 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
258 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.567568 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
259 aa  155  8e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
260 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
259 aa  155  8e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
259 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
260 aa  154  1e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2540  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.28 
 
 
258 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
262 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209308  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03629  oxidoreductase  39.06 
 
 
258 aa  153  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
259 aa  152  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
259 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  39.92 
 
 
262 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
260 aa  150  2e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
262 aa  150  2e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
264 aa  149  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857266  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2157  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
252 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166791  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
255 aa  149  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
260 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
261 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
264 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>