More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2609 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.328906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10840  putative dehydrogenase  75.6 
 
 
250 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000391035  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12220  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.4 
 
 
250 aa  336  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.5 
 
 
253 aa  284  7e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.5 
 
 
253 aa  284  7e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0205678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.5 
 
 
253 aa  284  7e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1422  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.92 
 
 
253 aa  284  8e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182902  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.71 
 
 
253 aa  278  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
253 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908488 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.92 
 
 
253 aa  275  6e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.398999  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2670  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.57 
 
 
253 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.243755  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.57 
 
 
253 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.47277 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.33 
 
 
254 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0937136  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
242 aa  264  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 
253 aa  248  9e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.86 
 
 
256 aa  242  5e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.472606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5862  putative 3-ketoacyl-CoA reductase  51 
 
 
251 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
253 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
253 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.851754  normal  0.710684 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1841  putative 3-ketoacyl-CoA reductase  48 
 
 
250 aa  190  2e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
253 aa  187  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
247 aa  175  6e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
258 aa  154  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
279 aa  152  5.9999999999999996e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.507862  normal  0.704803 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
256 aa  149  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
259 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  148  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.0058487  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
256 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
256 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
262 aa  143  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
256 aa  136  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849421 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.8 
 
 
249 aa  135  5e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
254 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  34.48 
 
 
261 aa  129  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
261 aa  129  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04045  tropinone reductase  36.36 
 
 
258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002996  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  33.87 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000487281  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
262 aa  129  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
262 aa  129  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3597  short chain dehydrogenase  34.12 
 
 
259 aa  129  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
258 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02908  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.54 
 
 
245 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2001  putative short-chain alcohol dehydrogenase  37.92 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.354016 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.08 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
245 aa  126  3e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
270 aa  126  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3899  hypothetical protein  34.62 
 
 
255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.363357 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
262 aa  125  6e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3774  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 
258 aa  125  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.644601  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 
260 aa  125  7e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
255 aa  124  1e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
255 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
255 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  34.78 
 
 
261 aa  123  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
254 aa  123  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1853  short chain dehydrogenase  36.03 
 
 
248 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0255739 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
261 aa  123  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
261 aa  123  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.91 
 
 
255 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
248 aa  123  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
254 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
250 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  34.48 
 
 
269 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  34.94 
 
 
252 aa  122  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.12 
 
 
255 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0249  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.07 
 
 
258 aa  122  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0279472  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
262 aa  122  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  34.88 
 
 
269 aa  121  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
259 aa  121  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
268 aa  121  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
250 aa  121  9e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2190  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
258 aa  121  9e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
265 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.576946  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
260 aa  120  9.999999999999999e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.24583 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2241  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.06 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000319418  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
268 aa  120  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3761  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  33.47 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0610  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.21 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0678259 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  33.97 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2132  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.52 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000343702  normal  0.0291609 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  33.73 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  35.37 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
261 aa  119  3e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
269 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
265 aa  119  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
251 aa  120  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>