More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1965 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  494  1e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.82 
 
 
253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.82 
 
 
253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0205678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.82 
 
 
253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2670  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.26 
 
 
253 aa  309  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.243755  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
253 aa  305  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908488 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.87 
 
 
253 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.47277 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1422  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.1 
 
 
253 aa  298  5e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182902  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.24 
 
 
253 aa  296  3e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.398999  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.85 
 
 
253 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.45 
 
 
242 aa  295  4e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.63 
 
 
254 aa  295  5e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0937136  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12220  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
250 aa  265  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5862  putative 3-ketoacyl-CoA reductase  55.78 
 
 
251 aa  257  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 
250 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.328906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10840  putative dehydrogenase  53.36 
 
 
250 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000391035  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
256 aa  226  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.472606 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.37 
 
 
253 aa  190  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1841  putative 3-ketoacyl-CoA reductase  44.35 
 
 
250 aa  183  3e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
247 aa  177  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
253 aa  175  6e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
253 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.851754  normal  0.710684 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
279 aa  143  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.507862  normal  0.704803 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
258 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
259 aa  133  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
256 aa  133  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3597  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
259 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
261 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
256 aa  121  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.0058487  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
261 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  31.87 
 
 
259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
256 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
255 aa  119  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588805  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0249  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.3 
 
 
258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0279472  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.73 
 
 
248 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
256 aa  117  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.99 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2849  glucose 1-dehydrogenase  37.2 
 
 
245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.753993 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3761  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 
259 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849421 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 
269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0139206 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 
269 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
261 aa  113  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  33.73 
 
 
261 aa  113  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3138  oxidoreductase protein  36.6 
 
 
262 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
269 aa  112  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0344  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
269 aa  112  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.444272 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
269 aa  112  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
257 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
268 aa  112  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.742124  normal  0.43311 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
258 aa  112  8.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
254 aa  112  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
267 aa  111  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
252 aa  111  9e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  34.66 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.66 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  34.66 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  34.66 
 
 
260 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
254 aa  110  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
248 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
248 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
247 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
252 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
252 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.264483  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.47 
 
 
251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.02 
 
 
249 aa  108  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.56 
 
 
255 aa  109  5e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
286 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
261 aa  108  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
258 aa  108  6e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
267 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.958829  normal  0.189609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
265 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
255 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
266 aa  108  9.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
262 aa  107  1e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
311 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
269 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5878  dehydrogenase  37.04 
 
 
255 aa  107  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
282 aa  108  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.451543 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
255 aa  107  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.700746  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
259 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
269 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
259 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
269 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
256 aa  107  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  32.94 
 
 
255 aa  107  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
265 aa  107  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.110781  normal  0.215016 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
265 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
259 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
259 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>