More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4637 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4637  short chain dehydrogenase  100 
 
 
269 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0597104  normal  0.0798604 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4505  short chain dehydrogenase  100 
 
 
269 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.15196  normal  0.998314 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3574  short chain dehydrogenase  85.39 
 
 
267 aa  461  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.11528  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3688  short chain dehydrogenase  77.53 
 
 
265 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.332248  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0958  short chain dehydrogenase  77.15 
 
 
265 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3168  short chain dehydrogenase  79.7 
 
 
283 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7064  short chain dehydrogenase  67.16 
 
 
265 aa  360  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4238  short chain dehydrogenase  65.43 
 
 
268 aa  352  4e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0180  short chain dehydrogenase  65.07 
 
 
269 aa  352  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5596  short chain dehydrogenase  65.3 
 
 
265 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329102 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3663  short chain dehydrogenase  65.3 
 
 
265 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4704  short chain dehydrogenase  65.3 
 
 
265 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000843868  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4563  short chain dehydrogenase  65.04 
 
 
265 aa  344  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00447639  hitchhiker  0.00143466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1110  short chain dehydrogenase  64.29 
 
 
265 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0177225  normal  0.229286 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4098  short chain dehydrogenase  64.29 
 
 
265 aa  342  4e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.474708 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3989  short chain dehydrogenase  63.91 
 
 
265 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.826773  normal  0.0182099 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1331  short chain dehydrogenase  64.55 
 
 
265 aa  338  4e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2499  short chain dehydrogenase  64.55 
 
 
265 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0314  short chain dehydrogenase  64.55 
 
 
265 aa  338  4e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.265928  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0590  short chain dehydrogenase  64.55 
 
 
265 aa  338  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155951  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1312  short chain dehydrogenase  64.55 
 
 
265 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.445214  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1239  short chain dehydrogenase  64.55 
 
 
265 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.363004  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0977  short chain dehydrogenase  64.55 
 
 
265 aa  338  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1496  short chain dehydrogenase  64.26 
 
 
260 aa  332  4e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3959  short chain dehydrogenase  55.89 
 
 
264 aa  299  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0140  short chain dehydrogenase  56.59 
 
 
264 aa  285  7e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0822  short chain dehydrogenase  57.69 
 
 
262 aa  256  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00305292  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
260 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
260 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
259 aa  152  4e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
362 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00359465  normal  0.191358 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
256 aa  144  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
249 aa  142  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
247 aa  142  9e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
288 aa  139  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
254 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
261 aa  137  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 
262 aa  137  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
261 aa  135  5e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1769  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.62 
 
 
245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
257 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.69 
 
 
251 aa  133  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  38.52 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.7 
 
 
266 aa  133  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2299  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.23 
 
 
245 aa  133  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
260 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
260 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.85 
 
 
246 aa  132  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
255 aa  132  6e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
294 aa  132  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.85 
 
 
246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
264 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
261 aa  129  6e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
263 aa  128  8.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  35.98 
 
 
252 aa  128  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.46 
 
 
250 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0610  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.21 
 
 
286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0678259 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  28.68 
 
 
253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.21 
 
 
250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
249 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.57 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.151399  normal  0.325348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.458273  normal  0.643271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0816082  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  28.68 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.87 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0509  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.34 
 
 
245 aa  127  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
256 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 
264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3818  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.15 
 
 
245 aa  125  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0470155 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3749  short chain dehydrogenase  32.44 
 
 
254 aa  125  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0895  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.21 
 
 
245 aa  125  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0373369 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
260 aa  125  7e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.24583 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.01 
 
 
249 aa  125  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
295 aa  125  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2494  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.78 
 
 
248 aa  125  9e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000082608  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
254 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
269 aa  124  1e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1284  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.62 
 
 
251 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.183563 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
258 aa  124  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
256 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
257 aa  124  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
262 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5718  short chain dehydrogenase  36.43 
 
 
264 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.96 
 
 
245 aa  124  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
252 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
261 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1051  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.33 
 
 
245 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305162  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.73 
 
 
247 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
256 aa  124  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.68 
 
 
245 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
267 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
252 aa  123  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
247 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
249 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.66 
 
 
266 aa  122  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>