More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4098 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4098  short chain dehydrogenase  100 
 
 
265 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.474708 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4563  short chain dehydrogenase  97.74 
 
 
265 aa  527  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00447639  hitchhiker  0.00143466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1110  short chain dehydrogenase  95.85 
 
 
265 aa  519  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0177225  normal  0.229286 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3663  short chain dehydrogenase  95.09 
 
 
265 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5596  short chain dehydrogenase  95.09 
 
 
265 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329102 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4704  short chain dehydrogenase  95.09 
 
 
265 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000843868  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3989  short chain dehydrogenase  93.58 
 
 
265 aa  512  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.826773  normal  0.0182099 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1331  short chain dehydrogenase  84.15 
 
 
265 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2499  short chain dehydrogenase  84.15 
 
 
265 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1239  short chain dehydrogenase  84.15 
 
 
265 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.363004  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0977  short chain dehydrogenase  84.15 
 
 
265 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0314  short chain dehydrogenase  84.15 
 
 
265 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.265928  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0590  short chain dehydrogenase  84.15 
 
 
265 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155951  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1312  short chain dehydrogenase  84.15 
 
 
265 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.445214  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1496  short chain dehydrogenase  83.08 
 
 
260 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0180  short chain dehydrogenase  80.67 
 
 
269 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7064  short chain dehydrogenase  80.75 
 
 
265 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4238  short chain dehydrogenase  79.85 
 
 
268 aa  427  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3688  short chain dehydrogenase  64.77 
 
 
265 aa  341  5.999999999999999e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.332248  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3574  short chain dehydrogenase  62.78 
 
 
267 aa  331  6e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.11528  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4637  short chain dehydrogenase  64.29 
 
 
269 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0597104  normal  0.0798604 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4505  short chain dehydrogenase  64.29 
 
 
269 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.15196  normal  0.998314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0958  short chain dehydrogenase  61.36 
 
 
265 aa  326  3e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3168  short chain dehydrogenase  63.12 
 
 
283 aa  319  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3959  short chain dehydrogenase  53.41 
 
 
264 aa  288  5.0000000000000004e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0140  short chain dehydrogenase  52.53 
 
 
264 aa  272  5.000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0822  short chain dehydrogenase  56.2 
 
 
262 aa  267  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00305292  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
259 aa  163  3e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
362 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00359465  normal  0.191358 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
260 aa  158  8e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
260 aa  157  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
294 aa  143  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0610  putative short-chain dehydrogenase/reductase  34.09 
 
 
286 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0678259 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.42 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
262 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
262 aa  136  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
288 aa  135  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
261 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.32 
 
 
263 aa  133  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.97 
 
 
266 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
262 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
267 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2494  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.25 
 
 
248 aa  132  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000082608  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 
262 aa  132  6.999999999999999e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.32 
 
 
263 aa  132  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.45 
 
 
263 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.24583 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.68 
 
 
262 aa  129  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1284  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  31.91 
 
 
251 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.183563 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
261 aa  129  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
252 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
262 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.7 
 
 
261 aa  128  9.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1221  ketoacyl reductase  36.15 
 
 
261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.432142  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
249 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.45 
 
 
261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2721  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4369  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.1 
 
 
246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 
282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.458273  normal  0.643271 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.57 
 
 
262 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
261 aa  125  7e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.7 
 
 
262 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363126  normal  0.172275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
261 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
252 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.15 
 
 
246 aa  124  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.35 
 
 
249 aa  123  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
261 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32556  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.62 
 
 
255 aa  122  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
248 aa  123  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2042  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.57 
 
 
248 aa  123  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000691929  decreased coverage  0.00609535 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
260 aa  122  4e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
254 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.15 
 
 
246 aa  122  6e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.08 
 
 
263 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1499  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.78 
 
 
248 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000126797  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
283 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.623157  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
246 aa  121  9e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3749  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11468  acetoin(diacetyl)reductase  32.83 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0328388  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.95 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1768  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  34.11 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323162  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  28.46 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1603  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.05 
 
 
248 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000401343  decreased coverage  0.000161546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.43 
 
 
251 aa  121  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1759  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.27 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000535211  normal  0.457957 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1582  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.27 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000004002  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.05 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>