More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2111 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2111  L-pipecolate dehydrogenase  100 
 
 		 432 aa  869    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3730  FAD dependent oxidoreductase  61.39 
 
 		 423 aa  457  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0126  FAD dependent oxidoreductase  47.71 
 
 		 428 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.852563  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0214  FAD dependent oxidoreductase  45.32 
 
 		 428 aa  358  8e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.809781  normal  0.279288 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5257  FAD dependent oxidoreductase  45.32 
 
 		 428 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5309  FAD dependent oxidoreductase  45.08 
 
 		 428 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0571231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0551  FAD dependent oxidoreductase  44.36 
 
 		 427 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.270297  normal  0.259581 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5167  FAD dependent oxidoreductase  45.08 
 
 		 478 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547008  normal  0.0506683 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1462  FAD dependent oxidoreductase  44.05 
 
 		 427 aa  352  8e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.455561  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51040  oxidoreductase  44.6 
 
 		 428 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.105475  hitchhiker  0.00000056268 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4355  oxidoreductase  46.37 
 
 		 428 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0318589  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4114  FAD dependent oxidoreductase  44.83 
 
 		 427 aa  341  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.776855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3785  FAD dependent oxidoreductase  44.33 
 
 		 427 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0848  putative oxidoreductase  44.05 
 
 		 427 aa  338  9.999999999999999e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.349665  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0905  oxidoreductase, putative  43.81 
 
 		 427 aa  336  3.9999999999999995e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3513  FAD dependent oxidoreductase  40.77 
 
 		 428 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4466  FAD dependent oxidoreductase  45.93 
 
 		 440 aa  322  9.999999999999999e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1892  hypothetical protein  40.67 
 
 		 429 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0721  FAD dependent oxidoreductase  41.98 
 
 		 423 aa  315  9e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2376  FAD dependent oxidoreductase  43.86 
 
 		 427 aa  315  9.999999999999999e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.578788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2412  FAD dependent oxidoreductase  46.83 
 
 		 431 aa  312  5.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.559875  normal  0.539799 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1724  FAD dependent oxidoreductase  45.19 
 
 		 427 aa  311  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2126  FAD dependent oxidoreductase  45.19 
 
 		 429 aa  305  7e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0999299 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5718  oxidoreductase  42.69 
 
 		 427 aa  295  9e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0897  FAD dependent oxidoreductase  38.62 
 
 		 428 aa  293  4e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.526161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4014  hypothetical protein  43.69 
 
 		 427 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0638  putative FAD dependent oxidoreductase protein  44.11 
 
 		 430 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.561447  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2291  FAD dependent oxidoreductase  43.86 
 
 		 430 aa  279  5e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.394886 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0231  FAD dependent oxidoreductase  39.26 
 
 		 427 aa  276  4e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6270  FAD dependent oxidoreductase  40.49 
 
 		 436 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2366  FAD dependent oxidoreductase  40.39 
 
 		 431 aa  260  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1503  putative FAD dependent oxidoreductase  41.4 
 
 		 430 aa  256  7e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228757  normal  0.827149 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5578  FAD dependent oxidoreductase  42.27 
 
 		 432 aa  253  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0311057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2742  FAD dependent oxidoreductase  41.67 
 
 		 432 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2874  FAD dependent oxidoreductase  39.28 
 
 		 435 aa  248  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0357  FAD dependent oxidoreductase  40.57 
 
 		 429 aa  248  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.369586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6011  FAD dependent oxidoreductase  39.14 
 
 		 436 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.414798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4842  FAD dependent oxidoreductase  39.11 
 
 		 433 aa  241  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4342  FAD dependent oxidoreductase  38.38 
 
 		 436 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4024  FAD dependent oxidoreductase  38.38 
 
 		 436 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488918  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3407  putative oxidoreductase protein  38.64 
 
 		 435 aa  239  5e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3951  FAD dependent oxidoreductase  37.37 
 
 		 434 aa  232  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00431943  normal  0.112468 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0184  FAD dependent oxidoreductase  39.14 
 
 		 434 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1437  FAD dependent oxidoreductase  37.37 
 
 		 431 aa  220  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.218696 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1031  FAD dependent oxidoreductase  38.1 
 
 		 431 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2389  FAD dependent oxidoreductase  40.64 
 
 		 428 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1148  FAD dependent oxidoreductase  35.7 
 
 		 433 aa  209  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0510844 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3590  FAD dependent oxidoreductase  39.66 
 
 		 428 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0751929 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2910  FAD dependent oxidoreductase  34.96 
 
 		 434 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4331  putative FAD dependent oxidoreductase  34.2 
 
 		 436 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.588243 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1037  FAD dependent oxidoreductase  33.42 
 
 		 433 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3316  FAD dependent oxidoreductase  34.64 
 
 		 433 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3943  FAD dependent oxidoreductase  32.76 
 
 		 428 aa  174  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0770  D-amino acid oxidase family protein  31.38 
 
 		 428 aa  172  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451477  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2625  FAD dependent oxidoreductase  36.51 
 
 		 423 aa  171  3e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.526109  normal  0.108457 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0717  D-amino acid oxidase family protein  31.12 
 
 		 428 aa  171  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0396  FAD dependent oxidoreductase  31.88 
 
 		 432 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121903  normal  0.0540762 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2227  putative FAD dependent oxidoreductase  36.04 
 
 		 434 aa  169  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0806459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0301  FAD dependent oxidoreductase  31.83 
 
 		 436 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2415  FAD dependent oxidoreductase  32.83 
 
 		 436 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0342096  normal  0.0777393 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1197  FAD dependent oxidoreductase  33.17 
 
 		 429 aa  167  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.256895  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3177  FAD dependent oxidoreductase  29.13 
 
 		 428 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000102861  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4992  FAD dependent oxidoreductase  33.42 
 
 		 435 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2032  FAD dependent oxidoreductase  33.58 
 
 		 433 aa  161  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0378  hypothetical protein  33.58 
 
 		 433 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.18492  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0364  FAD dependent oxidoreductase  32.13 
 
 		 431 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0544453 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5527  FAD dependent oxidoreductase  34.3 
 
 		 434 aa  156  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.745168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0665  FAD dependent oxidoreductase  30.4 
 
 		 436 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4572  FAD dependent oxidoreductase  30.87 
 
 		 426 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3526  FAD dependent oxidoreductase  30.47 
 
 		 427 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0175987  normal  0.130087 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3113  FAD dependent oxidoreductase  29.29 
 
 		 427 aa  152  8.999999999999999e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.110825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0153  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 		 436 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.185015  hitchhiker  0.000196001 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0863  FAD dependent oxidoreductase  33.6 
 
 		 433 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3597  FAD dependent oxidoreductase  30.91 
 
 		 425 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5671  oxidoreductase  31.79 
 
 		 424 aa  149  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1866  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 		 429 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.106095  hitchhiker  0.00126113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1940  FAD dependent oxidoreductase  32.64 
 
 		 439 aa  147  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0993886  normal  0.016736 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3646  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 		 432 aa  147  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317817  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2636  FAD dependent oxidoreductase  31.65 
 
 		 429 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.773353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1198  FAD dependent oxidoreductase  29.02 
 
 		 433 aa  146  8.000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1135  FAD dependent oxidoreductase  31.56 
 
 		 428 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1975  FAD dependent oxidoreductase  30.94 
 
 		 427 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.185752  normal  0.0484481 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1917  oxidoreductase  30.87 
 
 		 424 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0887  putative FAD-binding oxidoreductase  31.65 
 
 		 426 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4676  oxidoreductase, FAD-dependent  30.12 
 
 		 427 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6151  FAD dependent oxidoreductase  32.15 
 
 		 445 aa  144  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1098  FAD dependent oxidoreductase  31.37 
 
 		 428 aa  144  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289023  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1839  FAD dependent oxidoreductase  32.61 
 
 		 436 aa  142  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.131772  normal  0.38658 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01278  gamma-Glu-putrescine oxidase, FAD/NAD(P)-binding  32.25 
 
 		 426 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.648235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2345  FAD dependent oxidoreductase  32.25 
 
 		 426 aa  142  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000869786  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01289  hypothetical protein  32.25 
 
 		 426 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.667562  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2909  FAD dependent oxidoreductase  31.61 
 
 		 425 aa  142  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4967  FAD dependent oxidoreductase  30.98 
 
 		 425 aa  142  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0475952 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1416  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  32.25 
 
 		 426 aa  142  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1821  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  32.25 
 
 		 426 aa  142  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3005  FAD dependent oxidoreductase  31.07 
 
 		 428 aa  142  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.432332  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1065  FAD dependent oxidoreductase  30.81 
 
 		 428 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1537  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  32.25 
 
 		 426 aa  142  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.263675  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48010  D-amino acid oxidoreductase family protein  34.06 
 
 		 438 aa  142  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2324  FAD dependent oxidoreductase  32.25 
 
 		 426 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>